Royal Lochnagar ist Diageos kleinste Destillerie und wurde aufgrund ihrer äußerst charmanten und malerischen Lage von der Gruppe als 'Malts Brand Home' für den Besuch und die Schulung von VIP-Kunden ausgewählt. Die Ufer des Flusses Dee waren schon lange ein Nährboden für illegale Whiskydestillation. Nach dem Excise Act von 1823 erhielten einige ehemalige illegale Brenner Lizenzen, und ihre früheren Kollegen wandten sich manchmal gegen sie. James Robertson aus Crathie war ein solcher Fall. Die Destillerie, die er nördlich des River Dee in Glen Feardan baute, wurde niedergebrannt. 1826 baute er eine zweite Destillerie am Nordufer des Dee, namens Lochnagar, die ebenfalls niedergebrannt wurde. So baute er eine dritte Destillerie, und das gesamte Gebäude wurde erneut 'zu Asche verbrannt. Ort und Art des Feuers bleiben bis heute ein Rätsel' (Aberdeen Journal, 12. Mai 1841). Daher war die Person, die 1845 wagte, eine neue Lochnagar-Destillerie auf der anderen Seite des Dee in der Nähe von Balmoral Castle zu bauen, ein wahrer mutiger Mann. Dieser mutige Mann war John Begg. Sein Name wurde später durch den Slogan seiner Blended-Whisky-Marke verbreitet: 'Have a John Begg'. 1848 mieteten Queen Victoria und Prince Albert Balmoral Castle und kauften und bauten es später um. Zwei Tage nachdem die königliche Familie zum ersten Mal in Balmoral ankam, erfuhr Begg, dass Prince Albert an 'mechanischen Spielzeugen' interessiert war, und lud sie ein, in der Destillerie sein 'Werk' zu probieren. Am nächsten Tag besuchte der Prinz, begleitet von der Königin und ihren drei ältesten Kindern, die Destillerie, und Begg schenkte ihnen jedem ein Glas Whisky ein. Dieses Glas Whisky muss sehr gut gewesen sein, denn wenige Tage später erhielt die Destillerie ein 'Royal Warrant'. Nicht lange danach wurde die Destillerie in 'Royal Lochnagar' umbenannt. Die Destillerie ging später an John Beggs Sohn und Enkel, dann in einen Familientrust über und wurde nach 1902 eine private Limited Company. Während des Ersten Weltkriegs verhandelten die Direktoren mit D.C.L., das 1916 die Familienanteile übernahm.

Der Name von Royal Lochnagar stammt von dem nahegelegenen Berg und dem Loch nahe dessen Gipfel. Er soll der Lieblingswhisky von Sir MacFarlan von Bellsdown gewesen sein. Als Präsident von United Distillers war Sir Norman MacFarlan ein Pionier der ersten proprietären Single Malt Whisky-Abfüllungen und hat damit die Vermarktung edler Malts revolutioniert.