Die Destillerie wurde in den frühen 1830er Jahren neben einer alten Windmühle errichtet (deren Überreste noch heute existieren). Vor 1837 hieß sie Invernettie, und in diesem Jahr wurde die Destillerie in eine Brauerei umgewandelt. 1875 wurde sie von der Scottish Highland Distillery Co. wieder in eine Destillerie zurückverwandelt, doch das Unternehmen wurde fünf Jahre später liquidiert. Die Destillerie wechselte mehrfach den Besitzer und wurde mehrmals geschlossen, unter anderem zwischen 1925 und 1937. 1937 wurde sie von Seager Evans, einem Londoner Gin-Brenner, übernommen. Dieses Unternehmen hatte 1927 die Strathclyde Grain Spirit Destillery gegründet und 1936 die Blended-Whisky-Marke Long John erworben. 1956 wurde Seager Evans an Schenley Industries Inc. aus New York verkauft, was eine bessere und schnellere Kapitalinjektion bot, als Blended Scotch global expandierte. Das Eigentum an Glenugie wurde auf Long John Distilleries Ltd übertragen, und die Destillerie wurde komplett renoviert, wobei zwei neue Brennblasen und Rohrbündelkondensatoren hinzugefügt wurden, was die Produktionskapazität verdoppelte. Das Unternehmen errichtete auch die Tamdhu-Destillerie in Speyside und baute die Kinclaith-Destillerie in Strathclyde. 1962 kaufte das Unternehmen die Laphroaig-Destillerie und wurde 1970 in Long John International umbenannt. 1975 wurde es an Whitbread & Company Ltd. verkauft. Im Januar 1990 wurden die Spirituosen-Interessen des Unternehmens von Allied Lyons für 454 Millionen Pfund übernommen. Glenugie war jedoch zu diesem Zeitpunkt bereits seit sieben Jahren geschlossen. Kurz nach 1983 wurde das Gelände aufgeteilt und an zwei Nordsee-Öl-Ingenieursunternehmen verkauft, und die originalen Gebäude wurden abgerissen.

Das Hauptgebäude der Destillerie verfügt über eine ungewöhnliche Konstruktion mit Gusseisengerüst. Die Destillerie hatte nur je ein Paar Brennblasen.