Die Tobermory Destillerie hat eine wechselvolle Geschichte. In den 1880er Jahren plante, ähnlich wie Pulteney, der örtliche Grundbesitzer, der 5. Duke of Argyll, unter dem Drängen der British Fisheries Society, das Dorf in einen Fischereihafen umzuwandeln. Das Projekt wurde „Mr. Stevenson of Oban“ (siehe „Oban“) und dem Factor des Herzogs anvertraut, aber der Plan wurde von einem anderen Stevenson kritisiert—Robert Stevenson, dem großen Leuchtturmingenieur und Vater von Robert Louis Stevenson. Trotzdem wurde Tobermory nie ein richtiger Fischereihafen. Die Destillerie wurde wahrscheinlich zwischen 1795-1798 von John Sinclair gegründet, einem „Kaufmann“, der das Lochaline-Gebiet auf der Halbinsel Morvern besaß—obwohl er das Landrecht erst 1823 erhielt. Ein Stich von William Daniell aus dem Jahr 1813 zeigt jedoch keine Spur einer Destillerie. Barnard, der sie beschreibt, ist ungewöhnlich knapp und schreibt einfach: „Destillerie gegründet 1823“. Ursprünglich hieß sie „Ledaig“. Mr. Sinclair scheint bis 1837 der Lizenzinhaber gewesen zu sein. Es folgte eine Ruheperiode zwischen 1837 und 1878, danach wechselte sie mehrmals den Besitzer. Der letzte Eigentümer legte die Destillerie 1887 still. Kurz darauf wurde Tobermory von John Hopkins & Company übernommen, das 1897 die Speyburn Destillerie kaufte und 1916 der D.C.L. beitrat. S.M.D. schloss Tobermory 1930 (die Gebäude dienten später als Kantine und Kraftwerk) und verkaufte sie 1972 an die Ledaig Distillery (Tobermory) Ltd, ein Joint Venture zwischen Pedro Domecq und einer Reederei aus Liverpool. Ledaig Distillery geriet 1972 in Konkursverwaltung, und bis 1975 befanden sich die neuen Besitzer in Insolvenzverwaltung. Vier Jahre später wurde sie an die Kirkleavington Property Company in Cleckheaton verkauft, die 1982 einige Gebäude der Destillerie in Wohnungen umbaute und andere als Käselager vermietete. Die Produktion wurde 1989 wieder aufgenommen, und Tobermory wurde 1993 für £600.000 (plus £200.000 Lagerbestand) an Burn Stewart Distillers verkauft. Im April 2013 wurde Burn Stewart vom südafrikanischen Getränkekonzern Distell Group Limited für £160 Millionen übernommen. Tobermory wurde am 31. März 2017 für eine umfassende Renovierung geschlossen und blieb zwei Jahre still; die Produktion hat inzwischen wieder begonnen.

Die Marke Tobermory diente einst für Blended Scotch Whisky, Blended Malt Scotch Whisky und Single Malt Scotch Whisky. Der zwischen 1972 und 1974 destillierte Malt wurde als 'Ledaig' abgefüllt und war sehr begehrt. Nach der Übernahme durch Burn Stewart Distillers wurde das Branding rationalisiert: Tobermory bezeichnet den ungetorften Single Malt, während Ledaig für den stark getorften Ausdruck steht. Die Destillerie produziert heute beide Stilrichtungen im Verhältnis eins zu eins.