James Stewart aus dem Dorf Rothes war ein Getreidehändler und außerdem Eigentümer einer Mühle. Im Jahr 1868 schloss er sich mit Robert Dick, William Grant (einem Agenten der Clydesdale Bank) und John Cruickshank (einem Rechtsanwalt) zusammen und übernahm die nahe gelegene Macallan-Destillerie. Die Destillerie lief erfolgreich, und drei Jahre später beschlossen sie, stromaufwärts in Rothes eine größere Destillerie zu bauen. Dies war jedoch keine gute Zeit, um eine Destillerie zu bauen. Im Herbst 1878 durchlitt Großbritannien "die schwerste Wirtschaftskrise seit einem Jahrhundert": Im Oktober stürzte die City of Glasgow Bank zusammen, und im Dezember folgte die Clydesdale Bank. James Stewart und seine Partner lösten ihre Gesellschaft auf; Stewart behielt Macallan, während die anderen die halb fertiggestellte Glenrothes-Glenlivet-Destillerie übernahmen und unter dem Namen William Grant & Company weiterbetrieben. Das Eröffnungsdatum der Destillerie war der 28. Dezember 1879 – in der Nacht der Tay Bridge-Katastrophe (siehe Balmenach) – mit Robertson & Baxter als Agenten. Später, im Jahr 1887, folgten sie dem Rat von W.A. Robertson und fusionierten Glenrothes mit Bunnahabhain zur Highland Distilleries Company. Im Jahr 1896 wurde die Destillerie nach dem Entwurf von Charles Doig aus Elgin erweitert, wobei vier Brennblasen und ein zweiter Malzdarra hinzugefügt wurden. Doch bevor das Projekt abgeschlossen war, zerstörte ein großes Feuer den größten Teil der Destillerie. Trotz der Installation von Doigs patentiertem Gerät, das die Explosion der neuen Mühle verhinderte, konnte die Destillerie einen weiteren Brand sechs Jahre später nicht vermeiden. Glenrothes wurde 1963 auf sechs Brennblasen erweitert, 1980 auf acht erhöht und 1989 wiederaufgebaut und auf zehn Brennblasen erweitert. Im Jahr 1987 lizenzierte Highland Distilleries die Glenrothes-Marke an Berry Brothers & Rudd, einen Londoner Weinhändler, der ebenfalls 50 % von Cutty Sark besaß (die anderen 50 % wurden von Robertson & Baxter gehalten). Im selben Jahr veröffentlichten sie die erste offizielle Abfüllung der Destillerie: Glenrothes 12 Year Old. Im Jahr 2010 erwarb die Edrington Group (Eigentümer von Robertson & Baxter) 100 % der Anteile an Cutty Sark, während Berry Brothers & Rudd 100 % des Eigentums an Glenrothes erhielten. Im Jahr 2017 jedoch kehrte die Situation um, und die Glenrothes-Marke kehrte zur Edrington Group zurück, mit Plänen, den Markeneinfluss auf internationalen Märkten zu vergrößern. Bis 1994 hieß die Destillerie Glen Rothes; danach wurde sie in Glenrothes umbenannt.

Aufgrund des enormen Rufs von Glenlivet fügten 27 Speyside-Destillerien „Glenlivet“ als Namenszusatz hinzu. 1884 beantragte John Gordon Smith, diese Praxis einzuschränken. Doch bevor es vor Gericht ging, einigten sich die Besitzer von Glenlivet, Cragganmore, Mortlach, Glenfarclas, Linkwood, Glen Grant, Glenlossie und Benrinnes: Smiths Destillerie würde The Glenlivet heißen, während sie Glenlivet an ihre Destillerienamen anhängen und ihren Vatted Malt als Vatted Glenlivet vermarkten durften. Andere folgten bald. Andrew Usher erhielt das exklusive Recht, Old Vatted Glenlivet weiterzuverkaufen. Die Destillerie bezieht ihr Prozesswasser aus einer Quelle, die angeblich Schauplatz eines Mordes im 13. Jahrhundert war. Der Legende nach wurde Lord Ross' Tochter Mary Leslie vom berüchtigten „Wolf of Badenoch“ (Alexander Stewart, Earl of Buchan) ermordet, als sie ihren Geliebten beschützte. Neben einem neuen Etikettendesign 1994 führte Glenlivet eine einzigartige Flaschenform ein, die liebevoll „La Bomba“ genannt wird. 2005 brachten sie „La Bombette“ heraus, eine handgranatengroße 10-cl-Miniaturflasche in zwei Varianten.