Im Jahr 1786 wurde die Brennerei vom örtlich hoch angesehenen George Taylor (Leinenerzeuger, Postmeister und Bankier) in Zusammenarbeit mit dem Duke of Gordon gegründet und verfügte über eine 40-Gallonen-Brennblase. Die Brennerei wurde ursprünglich Milltown genannt, 1825 in Milton umbenannt (obwohl ihr Produkt weiterhin „Strathisla“ hieß). 1830 ging die Brennerei an den Bankier und Getreidehändler William Longmore über und wurde schließlich an seinen Schwiegersohn J. Geddes Brown weitergegeben, der sie in die William Longmore & Company Ltd. einbrachte, wobei die meisten Gesellschaftsanteile von Einheimischen gehalten wurden. Bemerkenswert ist, dass der Londoner Gin-Hersteller Sir Robert Burnett & Company of London im Jahrzehnt der 1880er Jahre große Mengen an Single Malt Whisky unter dem Namen „Longmore's Strathisla“ abfüllte (berichtet im Moray and Nairn Express von 1885): „Wo immer Sie hingehen, finden Sie Kenner, die mit enthusiastischem und uneingeschränktem Lob von den Erzeugnissen der Milton-Brennerei in Keith sprechen.“ Longmore & Company besaß Milton bis 1950, als James Barclay die Brennerei für 71.000 Pfund kaufte und sie sofort an die Seagram Company verkaufte. Danach wurde die Brennerei nach ihrem Hauptprodukt in „Strathisla“ umbenannt. Nachdem Longmore & Company ausgeschlossen wurde, geriet Milton unter die Kontrolle eines zwielichtigen Londoner Finanziers namens Jay Pomeroy, der große Mengen an gereiftem Whisky entzog und nach einem Gerichtsurteil „auf eine Weise entsorgte, die keine Abgaben nach sich zog“ – was bedeutet, dass er den Bestand auf dem Schwarzmarkt für riesige Gewinne verkaufte, wodurch die Brennerei in diesem Zeitraum chronisch an gereiftem Whisky knapp war. Seagram expandierte sofort die Produktion, indem 1965 zwei neue dampfbeheizte Brennblasen neben das ursprüngliche kohlebefeuerte Paar installiert und groß angelegte Lagerhäuser in der Nähe errichtet wurden. Seagrams Whisky-Interessen wurden 2001 von Pernod Ricard übernommen, und Strathisla wird nun von seiner Tochtergesellschaft Chivas Brothers verwaltet.

Laut dem Banffshire Journal ereignete sich im Januar 1876 im Milton Distillery (heute Strathisla) ein verheerender Brand: 'Der Kuhstall enthielt 66 Rinder, von denen 30 in den Flammen umkamen; der Schaden belief sich auf 700 Pfund. Zusätzlich wurden 500 Quarters Gerste, eine Dreschmaschine und eine Dampfmaschine zerstört... Gesamtschaden geschätzt auf 3.800 Pfund.' Drei Jahre später explodierte die Malz-Mühle, als 'ein kleiner Stein gegen den Zylinder der Mühle rieb, Funken erzeugte, die den hoch explosiven, pulverartigen Staub entzündeten.' Ein einzigartiges Merkmal war das 1881 installierte Wasserrad zur Stromerzeugung, das bis 1965 in Betrieb blieb, um den Rührer im Wash Still anzutreiben. Milton/Strathisla hat das höchste Pagodendach Schottlands (obwohl es bescheiden erscheint, da die Destillerie selbst klein ist), ungewöhnlicherweise nicht von Charles Doig (dem berühmten Erfinder und Destillerie-Architekten), sondern von dem Kollegen Architekten John Alcock entworfen. James Barclay (1886-1963) war eine der farbenreichsten Figuren der Whisky-Branche der Nachkriegszeit. Er begann seine Karriere 1902 im Banff Distillery, arbeitete später für Peter Mackie von White Horse, und kaufte 1919 George Ballantine & Son mit einem Partner. 1922 erwarb er J. & G. Stodart (Blender) und arrangierte sofort die US-Distribution – trotz Prohibition. In Kanada schloss er Freundschaft mit Harry Hatch von Hiram Walker und verkaufte ihm 1935 Ballantine's. Im folgenden Jahr kaufte er im Auftrag von Hiram Walker die Destillerien Miltonduff und Glenburgie und trat dem Vorstand von Hiram Walker [Scotland] Ltd bei. Mysteriöserweise trat er 1937 zurück, um zum Rivalen Seagram's zu wechseln, und ebnete ihnen den Weg in die Scotch-Industrie durch die Förderung ihrer Übernahmen von Chivas Brothers und Strathisla Distillery (damals Milton).