James Stuart, ein Getreidehändler aus Rothes, Erbauer und späterer Eigentümer der Macallan Distillery (1868-1886, siehe „Glenrothes“), errichtete Glen Spey (zunächst eine Kornmühle namens Roslin Distillery Mill). Nach dem Erwerb der Macallan Distillery verkaufte er Glen Spey für 11.000 Pfund an den Londoner Wein- und Spirituosenhändler W. & A. Gilbey. Dies war das erste Mal, dass ein englisches Unternehmen eine schottische Whiskybrennerei kaufte. 1904 bauten sie die Longmorn Distillery. 1962 fusionierte Gilbey mit Justerini & Brooks, einem anderen traditionsreichen Londoner Wein- und Spirituosenhändler, der mit J. & B. Rare Blended Whisky in Amerika großen Erfolg hatte. Das neue Unternehmen wurde I.D.V. genannt. Die Produktionskapazität von Glen Spey verdoppelte sich 1970. Zwei Jahre später wurde sie an den Brauer Watney Mann verkauft und im selben Jahr von Grand Metropolitan übernommen. 1997 fusionierte Grand Metropolitan mit Guinness und gründete das, was heute als Diageos U.D.V. bekannt ist. Glen Spey war lange Zeit ein Schlüsselmalt für J&B Blend. Eine Zeitlang war es die Single-Malt-Marke des Weinhändlers Unwin. Bis 2001 wurde Glen Spey als Single Malt von seinem Eigentümer U.D.V. abgefüllt.

Die Glen-Spey-Destillerie hält sich bescheiden im Schatten der erhaltenen Mauern der einst gefürchteten Burg Rothes versteckt, direkt an der Hauptstraße von Rothes. Die Burg stammt aus dem 13. Jahrhundert und beherbergte 1296 König Edward I. von England. 1309 war sie im Besitz der mächtigen Familie Leslie, die im 16. Jahrhundert zu Earls of Rothes und 1680 kurzzeitig zu Dukes of Rothes wurden (ein Titel, der nur ein Jahr währte). 1662 brannten die Einheimischen die Burg und angrenzende Gebäude nieder, um sie als Versteck für Diebe zu verhindern. In der Ära der kohlegefeuerten Direktheizung und offenen Flammenbeleuchtung waren Destillerien häufig von Feuersbrünsten heimgesucht (siehe Talisker, Glenrothes, Glenlossie etc.). Glen Spey selbst wurde 1920 durch einen schweren Brand schwer beschädigt.