Port Ellen Single Malt Whisky genießt einen verehrten Status unter Whiskysammlern, die torfige Stilrichtungen schätzen. Obwohl die meisten Gebäude der Destillerie noch stehen, darunter zwei Kilns mit Pagodendach (ein dritter wurde 2004 aus Sicherheitsgründen abgerissen), trauern Sammler immer noch um diesen Verlust. Das Lagerhaus vor Ort ist das älteste Schottlands und wird noch immer für die Reifung von langjährigem Lagavulin Whisky verwendet, während andere Gebäude in kleine Gewerbeeinheiten umgewandelt wurden. Die Destillerie begann als Malzerei, die vor 1824 von Alexander Kerr Mackay mit starkem Rückhalt von Laird Walter Frederick Campbell von Islay gegründet wurde. 1825 begann John Morrison damit, Whisky als Untermieter zu destillieren, vermutlich als Agent für seinen Onkel Ebenezer Ramsay. Ramsay war ein Fiskal von Clackmannanshire mit engen Verbindungen zur Stein-Destillier-Dynastie und umfangreichen Destillierinteressen im Alloa-Gebiet. Ihr Unternehmen erwies sich jedoch als erfolglos und 1833 schickte Ramsay seinen Sohn und seinen Neffen zur Begutachtung nach Islay. Sein Sohn berichtete, dass der Bau einer Destillerie dort undurchführbar sei, aber sein Neffe John Ramsay berichtete genau das Gegenteil. John Ramsay (1815-1892) war gerade einmal 18 Jahre alt. Nach einer Ausbildung als Brenner in Alloa wurde er zum Manager ernannt. Innerhalb weniger Jahre verwaltete er auch die Angelegenheiten des Lairds von Islay und wurde dessen Geschäftspartner in mehreren Unternehmungen, darunter die Einführung der ersten vierzehntägigen Fährverbindung zwischen Islay und Glasgow. Ramsay wurde der führende Landwirt der Insel, Vorsitzender der Glasgow Handelskammer und liberaler MP für Stirling (1868) und Falkirk (1874-1886). Als er starb, besaß er die gesamte Kildalton Parish, hatte zahlreiche Farmhäuser, Herrenhäuser und Cottages gebaut und viel zur Verbesserung der Landwirtschaft auf der Insel beigetragen. Port Ellen ging zunächst an seine Witwe, dann an seinen Sohn, Captain Ian Ramsay of Kildalton, über. Nach dem Ersten Weltkrieg (bei dem er verwundet wurde) war es schwierig, das Geschäft aufrechtzuerhalten und er musste die Destillerie an seine ehemaligen Agenten, James Buchanan & Company, verkaufen, die sie in Partnerschaft mit John Dewar & Sons erwarben. Diese Unternehmen traten 1925 D.C.L. bei und brachten Port Ellen mit. Ab 1930 wurde Port Ellen von S.M.D. verwaltet und bald geschlossen (für 37 Jahre), obwohl die Malzanlage weiter betrieben wurde. 1967 wurde sie auf dem Gelände der ursprünglichen Destillerie mit vier mechanisch beheizten Brennblasen (1970 auf Dampfheizung umgestellt) und Wurmkühlern wiederaufgebaut. 1973 wurde in der Nähe der Destillerie eine Trommelmalzanlage gebaut, die zunächst die Bedürfnisse von drei S.M.D.-Islay-Destillerien deckte und dann 1987 eine Vereinbarung mit allen Islay-Destillerien und Jura unterzeichnete, um mindestens einen Teil ihrer Malzbedürfnisse zu decken und die Malzanlage mit voller Kapazität zu betreiben. Die Port Ellen Destillerie wurde 1983 stillgelegt und 1987 geschlossen. Seit 2001 veröffentlicht Diageo jährlich kleine Mengen von Port Ellen als "Special Releases", allesamt seltene Jahrgänge aus 1978 oder 1979. Diese seltenen Abfüllungen sind bei Sammlern sehr begehrt. Am 9. Oktober 2017 erschütterte eine überraschende Nachricht die Whiskywelt: Diageo kündigte Pläne an, die Port Ellen Destillerie (zusammen mit der Brora Destillerie) vor 2020 wieder zu eröffnen.

Alle Islay-Destillerien (mit Ausnahme der neu eröffneten Kilchoman-Destillerie) wurden an der Küste erbaut, um den Transport von Gerste und Kohle sowie den Whisky-Export zu erleichtern. 1826 wurde in Port Ellen ein Pier errichtet, und das Dorf erweiterte sich allmählich um ihn herum und wurde nach Eleanor, der Frau des Laird Frederick Campbell von Islay, benannt. Ab 1869 wurden die Verkäufe der Destillerie von W.P. Lowrie aus Glasgow übernommen, einem Pionier in der Verwendung von Sherry-Fässern für die Reifung und dem ursprünglichen Lieferanten von James Buchanan. Der große Erfolg von Buchanans Black & White Blended Whisky ermöglichte es ihm, Lowries Unternehmen 1906 zu übernehmen.