Die Glendullan Brennerei wurde 1897 von William Williams & Sons, Whisky-Blendern aus Aberdeen, in einem bewaldeten Tal am Fluss Fiddich gegründet. Die Brennerei nutzte ein riesiges Wasserrad, um alle Maschinen anzutreiben. Harper's Magazine schrieb: "Dies spart eine beträchtliche Menge Geld im Vergleich zu Brennereien, die Dampfmaschinen verwenden müssen." Die Brennerei teilte sich außerdem ein privates Gleis mit der benachbarten Mortlach-Brennerei. Alle Versorgungsgüter wurden über diese Nebenstrecke transportiert, bis sie 1968 geschlossen wurde. Die Brennerei wurde außergewöhnlich gut gebaut, sodass die meisten Originalgeräte noch in den 1930er Jahren in Betrieb waren. Es war die siebte Brennerei, die in Dufftown erbaut wurde. Dies führte zum Sprichwort: "Rom wurde auf sieben Hügeln gebaut, Dufftown auf sieben Brennblasen." 1919 fusionierte William Williams & Sons mit Greenlees Brothers, den Glasgow- und London-basierten Herstellern von Old Parr-Blended Whisky. Das Unternehmen fusionierte später mit dem Leith-basierten Alexander & Macdonald Ltd zu Macdonald, Greenlees & Williams. 1925 trat das Unternehmen D.C.L. bei, und Glendullan wurde 1930 an S.M.D. übertragen. Zwischen 1940 und 1947 wurde die Brennerei geschlossen und 1962 wiederaufgebaut, wobei die Brennblasen auf indirekte Heizung umgerüstet wurden. Zehn Jahre später wurde in der Nähe eine größere neue Brennerei (mit 6 Brennblasen) im S.M.D.-Stil der "Waterloo Street" gebaut (siehe "Caol Ila" etc.). Zwischen 1972 und 1985 wurden beide Brennereien parallel betrieben, wobei ihre Erzeugnisse zusammengeführt wurden. Später wurde die alte Brennerei geschlossen und abgerissen. Die Gebäude werden jetzt von Diageo als Werkstätten genutzt.

1902 wurde eine kleine Menge Glendullan Single Malt exklusiv an den Königshof von König Edward VII. geliefert. Der Charakter des Whiskys der ursprünglichen Destillerie unterschied sich vollständig von – und wurde höher bewertet als – ihre Produktionen der 1970er Jahre. Sein modernes Profil ist Cardhu ähnlicher, was zu seiner Verwendung in der berüchtigten Cardhu Pure Malt-Kontroverse führte. Seit 2007 erfreut sich The Singleton of Glendullan großer Beliebtheit auf dem nordamerikanischen Markt.