1825 gründeten James Gordon und ein Mann namens Peter Weir eine Brennerei auf dem Gelände des ehemaligen Aberlour House. Als ihr Geschäft 1833 scheiterte, wurde die Brennerei von John und James Grant in Partnerschaft mit den Walker-Brüdern übernommen. Als der Pachtvertrag 1840 endete, zog die Grant-Familie nach Rothes und baute die Glen Grant Distillery; Peter Weirs Sohn wurde ihr Geschäftsförderer, während die Walker-Brüder zur Linkwood Distillery gingen. Die heutige Aberlour Distillery wurde zwischen 1879 und 1880 von James Fleming (ein lokaler Geschäftsmann, der die Dailuaine Distillery bis 1879 gepachtet hatte) erbaut. Die neue Brennerei lag eine Meile von der alten entfernt und verwendete Steine aus dem Steinbruch, den Thomas Telford beim Bau der Brücke in Craigellachie verwendet hatte. Die Brennerei wurde 1892 erweitert, und das Eigentum ging an die Blend-Firma R. Thorne & Sons aus Greenock über. 1898 wurde die Brennerei durch Feuer zerstört und wieder aufgebaut. Die nächsten Eigentümer waren die englische Firma W.H. Holt & Sons, die Aberlour 1921 kauften und 20 Jahre lang betrieben. 1945 wurde sie von S. Campbell & Son gekauft, die 1973 die Anlage mit der Installation von vier Brennblasen modernisierten und sie im folgenden Jahr an die Société Pernod Ricard verkauften. Pernod Ricard behielt Campbell Distillers als seine Whisky-Sparte bis zur Übernahme von Seagram's 2001, die Chivas Brothers einschloss, wobei letztere alle Brennereien übernahmen. Seit 2000 sind die Verkäufe von Aberlour Single Malt Whisky dramatisch gestiegen, insbesondere in Frankreich. Die Marke ist derzeit die sechstbestverkaufte Whiskymarke weltweit. Im August 2002 eröffnete die Brennerei ein brandneues Besucherzentrum, das eine zweistündige Führung anbietet.

Bis in die 1990er Jahre wurde die Destillerie vollständig durch Wasserkraft betrieben. Auf dem Gelände der Destillerie befindet sich ein heiliger Brunnen, der St. Drostan gewidmet ist, einem Anhänger von St. Columba, der um 660 n. Chr. Speyside besuchte. Der Legende nach verwendete er das Wasser dieses Brunnens, um die einheimische Bevölkerung zu taufen. Später gründete er ein Kloster in Deer in Aberdeenshire, wo er das berühmte 'Book of Deer' verfasste. 1931 errichtete die Familie Ross speziell eine kleine Kapelle, die diesem Heiligen gewidmet war. Ian Mitchell, der 1992 verstarb, arbeitete 48 Jahre in der Destillerie und war in den letzten 27 Jahren Destilleriemanager. Sein Großvater, sein Vater und sein Bruder arbeiteten ebenfalls in der Destillerie. Die 'A'bunadh'-Reihe von Aberlour (Gälisch für 'Ursprung') wurde 2000 auf den Markt gebracht. Dies ist ein Fassstärke-, nicht kühlgefiltertes Speyside-Produkt. Bis 2019 wurden 64 Abfüllungen veröffentlicht. Aberlour House ist heute der Hauptsitz der berühmten Shortbread-Marke 'Walkers of Aberlour'.