Die Scapa-Destillerie wurde am Lingro Burn erbaut und blickt auf die weite Ankerbucht von Scapa Bay. 1919 versenkte sich dort die deutsche Hochseeflotte selbst, und 1939 versenkte ein wagemutiges deutsches U-Boot an dieser Stelle das britische Kriegsschiff HMS Royal Oak. Ein örtlicher Pfarrer berichtete 1701, dass die Pfarrei ein uraltes und großartiges Trinkwettbewerben veranstaltete, das angeblich im 11. Jahrhundert von St. Magnus gegründet wurde, als er auf den Orkney-Inseln ankam und dem lokalen Häuptling 'einigen starken Trank' schenkte. 'Wenn der Häuptling ihn auf einmal austrinkt, wird er ihn sehr anerkennen und ihm versichern, dass es in seiner Herrschaft gut gehen wird.' Die Scapa-Destillerie wurde 1885 von den Glasgower Kaufleuten John Townsend gegründet und bis 1919 betrieben, als die Destillerie bei einem Feuer fast zerstört wurde. Glücklicherweise bildeten Seeleute der Royal Navy, die in Scapa Bay stationiert waren, eine Eimerkette, um die Flammen zu löschen. Die Destillerie wechselte mehrmals den Besitzer, bis sie 1954 von Hiram Walker gekauft wurde; fünf Jahre später bauten sie die Destillerie wieder auf und installierten einen Lomond-Still (siehe 'Inverleven' und 'Miltonduff'). 1978 wurde die Destillerie erneut modernisiert, als die Baffles des Stills entfernt wurden, was zu einem traditionellen Stills mit geradem Hals führte. 1994 wurde die Destillerie wieder geschlossen, aber 1997 begann eine intermittierende Produktion durch Mitarbeiter des nahegelegenen Highland Park. Zwischen 1986 und 1987 kaufte Allied Distillers Hiram Walker und übernahm das Eigentum an der Destillerie. 2004 investierten sie 2,1 Millionen Pfund in eine großangelegte Renovierung, brachten die erste proprietäre Abfüllung auf den Markt und gründeten einen Fanclub. Die Produktion wurde 2005 aufgrund von Renovierungsplänen wieder eingestellt; später im Jahr ging das Eigentum auf Chivas Brothers unter Pernod Ricard über, die die Produktion im Oktober 2005 zum 120-jährigen Jubiläum der Destillerie wieder aufnahmen.

Alfred Barnard besuchte 1886 Scapa und bezeichnete es als 'eines der vollständigsten Kleindestillerien Großbritanniens'. Ein großes Wasserrad, angetrieben vom Lingro Burn, versorgt die Destillerie mit Strom. Seit 1959 betreibt Scapa einen Lomond-Still. Dieser Still stammt aus der Glenburgie-Destillerie, und obwohl die verstellbaren Platten entfernt wurden, ist er heute einer von nur noch zwei Stills dieser Art. Als Inseldestillerie ist die Entscheidung von Scapa, ungetorften Whisky herzustellen, ungewöhnlich.