Die Linkwood Destillerie wurde 1821 von Peter Brown, einem Agenten und Agrarreformer des Linkwood Estate, gegründet und nahm drei Jahre später den Betrieb auf. Nach 1842 wurde die Destillerie von James Walker von der Aberlour Destillerie (der später James Walker & Company gründete) geleitet. Nach dem Tod von Peter Brown 1868 ging die Destillerie an seinen Sohn William über, der sie 1874 abriss und wieder aufbaute. Das Familienunternehmen wurde 1897 in die Linkwood-Glenlivet Distillery Company Ltd umgewandelt. Fünf Jahre später trat der Whisky-Händler Innes Cameron aus Elgin in den Vorstand ein und kontrollierte das Unternehmen bis zu seinem Tod 1932, als die Destillerie von D.C.L. übernommen wurde. 1963 wurde die Destillerie umfassend renoviert. 1971 wurde eine neue Destillerie im "Waterloo Street"-Stil neben der Originalanlage errichtet, wodurch die Anzahl der Brennblasen auf vier erhöht wurde – ein Beweis für die ausgezeichnete Qualität und die hohe Nachfrage nach dem Produkt. Linkwood wird als Premium-Malt-Whisky eingestuft und dient als wichtiger Grundgeist zur „Verbesserung“ mehrerer bekannter Blended Whiskies. Die neue Anlage wurde als Linkwood B bezeichnet und parallel zum ursprünglichen Linkwood A betrieben, bis Letzterer 1985 geschlossen wurde. Die Spirituosen aus beiden Destillerien wurden vor dem Fassabfüllen gemischt. 2011 wurde die Destillerie für sechs Monate geschlossen, um neue Maischbottiche und Kontrollsysteme zu installieren. Im April 2013 wurde das ursprüngliche Gebäude abgerissen, um den Brennraum von Linkwood B zu erweitern, wobei die verbleibenden zwei Brennblasen von Linkwood A und sechs neue Gärbottiche integriert wurden.

Im Jahr 1936 wurde Roderick Mackenzie zum Manager von Laphroaig ernannt. Als gälischsprachiger Einheimischer aus Wester Ross beaufsichtigte er jahrelang die Produktion der Destillerie mit akribischer Sorgfalt und bestand darauf, Ausrüstung nur dann zu ersetzen, wenn es absolut notwendig war. Laut Professor R.J.S. MacDougall ließ er sogar Spinnweben unberührt, aus Angst, den Charakter der Destillerie zu verändern. Professor MacDougall bezieht sich auf die Renovierung zwischen 1962 und 1963, bei der die neuen Brennblasen exakte Nachbildungen der alten waren – eine Tradition von S.M.D.