1881 gründete William Robertson, ein Whisky-Broker und Blender und Partner bei Robertson & Baxter in Glasgow, die Bunnahabhain-Destillerie. In Partnerschaft mit den Greenlees Brothers (erfolgreiche Blender von Lorne, Old Parr und Claymore sowie Eigentümer der Hazelburn-Destillerie) gründeten sie die 'Islay Distillers Company Ltd.' Das Unternehmen wurde 1887 in 'Highland Distilleries Company Ltd.' umbenannt und fusionierte mit Glenrothes-Glenlivet. Die Destillerie liegt im abgelegensten Gebiet von Islay, wo der Bau einer Destillerie keine leichte Aufgabe war: Im ersten Winter des Baus wurden zwei wartende Großkessel von starken Winden ins Meer geblasen. Der Standort wurde aufgrund der engen Beziehung zwischen Robertson & Baxter und Bulloch Lade & Company gewählt, die zu dieser Zeit die nahegelegene Caol Ila-Destillerie wiederaufbauten. Bei der Standortwahl wurden auch die reichliche Wasserversorgung von Staoinsha Loch und der gute Seeweg in der Nähe berücksichtigt. Der erste Spirit wurde im Januar 1883 produziert. Die ursprüngliche Destillerie hatte ein Brennblasenpaar. 1963 wurde die Kapazität verdoppelt, was mit dem Ende der Bodenmalzerei zusammenfiel. Obwohl die Kapazität 1987 mit 3,4 Millionen Litern pro Jahr angegeben wurde, war die Destillerie tatsächlich von 1982 bis 1984 geschlossen, und bis 2002 war die Produktion auf 750.000 Liter gefallen. Die Highland Distilleries Company Ltd. wurde 1998 in Highland Distillers umbenannt und dann 1999 zur Muttergesellschaft The Edrington Group. Überraschend verkaufte das Unternehmen Bunnahabhain im April 2003 für 10 Millionen Pfund an Burn Stewart Distillers. Im April 2013 wurde die Muttergesellschaft von Burn Stewart, CL World Brands, von Distell für 160 Millionen Pfund übernommen. Im Februar 2019 kündigte Distell einen dreijährigen Renovierungsplan für die Destillerie in Höhe von 20 Millionen Pfund an. Die Destillerie wird einige Lagerhäuser abreißen und neue errichten, alle Gebäude werden renoviert, um ein 'world-class' Besucherzentrum aufzunehmen.

Bunnahabhain: Neben der Destillerie selbst musste an einer Klippenseite eine rund 1,6 km lange Straße gebaut werden, um die Destillerie mit Port Askaig zu verbinden, einem Hafen, der in den turbulenten Gewässern der Islay-Straße errichtet wurde. Auch Häuser für die Arbeiter wurden gebaut. Die geschätzten Gesamtkosten betrugen 30.000 Pfund. Nach der Fertigstellung wurde die Destillerie höchst gelobt. Alfred Barnard besuchte sie fünf Jahre nach der Eröffnung und beschrieb sie als 'eine ordentliche Reihe von Gebäuden, ziemlich geschlossen. Wenn man durch das prächtige Tor in die Destillerie geht, spürt man sofort die Kompaktheit und Symmetrie der Konstruktion.' Bis heute hat sich fast nichts geändert. Bunnahabhain ist die abgelegenste und nördlichste Destillerie auf Islay. Ihre Produkte werden normalerweise als der mildeste Islay Single Malt beschrieben. Dieser leichte Stil wird verwendet, um Blended Whiskys auszugleichen, insbesondere Cutty Sark und Black Bottle (auch an Burn Stewart verkauft). Traditionell leicht getorft (2-3 ppm Phenolgehalt), aber 1997 experimentierten sie mit stark getorftem (35-40 ppm Phenolgehalt) und produzierten während der Burn-Stewart-Ära mehrere Chargen rauchiger Produkte. Der erste, namens Moine (Gälisch für 'Torf'), wurde 2004 während des Islay-Festivals als 6-jähriger Whisky veröffentlicht. Seit die Destillerie 1979 erstmals Single Malt veröffentlichte, zeigt das Etikett einen Seemann hinter einem Schiffsrad mit dem Motto 'Westering Home'. Diese Phrase stammt aus einem berühmten schottischen Lied: Westering Home, with a song in the air, Light in the eye and it's goodbye to care; Laughter o'love and a welcoming there, Isle of my heart my own one.