Um eine qualitativ hochwertige Wasserquelle zu sichern, wurde die Destillerie auf dem Gelände der Abtei Pluscarden, sechs Meilen westlich von Elgin, erbaut. Nicht überraschend nutzten viele illegale Brennereien im späten 18. Jahrhundert Kirchenland—berichten zufolge bis zu 50—und die heutige, 1824 erbaute Destillerie befindet sich an einem Ort namens Milton, der einst das Mühle der Abtei war. Nachdem die Familie Duff das Land kaufte, wurde der Name in 'Milton of Duff' geändert und ein altes Wasserrad beibehalten. Die Destillerie wurde 1866 von William Stewart (Miteigentümer der Highland Park Destillerie) erworben; 1890 gesellte sich Thomas Yorke zu ihm, und die Destillerie wurde in den mittleren 1890er Jahren erweitert, wobei die Kapazität eine Million Liter reinen Alkohol überstieg. 1936 verkaufte Yorke die Destillerie an Hiram Walker, der im Vorjahr George Ballantine & Company erworben hatte. Zwischen 1974 und 1975 wurde Miltonduff modernisiert, wobei die Jahresproduktion 5,24 Millionen Liter reinen Alkohol erreichte und es zu einer der größten Destillerien Schottlands wurde. Ein Besucherzentrum wurde etwa zur gleichen Zeit gebaut, aber bald geschlossen. 1986 erwarb Allied Distillers 51 % von Hiram Walker und schloss die vollständige Übernahme im folgenden Jahr ab. 2005 wurden die meisten Whisky-Interessen von Allied Distillers von Pernod Ricard erworben, einschließlich Ballantine's und Miltonduff Destillerie. Miltonduff wird jetzt von Chivas Brothers betrieben, einer Tochtergesellschaft von Pernod Ricard.

Prinknash war ursprünglich ein Kloster, das 1230 von Alexander II. gestiftet wurde. 1454 absorbierte es das alte Benediktinerkloster von Ecton, wurde aber während der Reformation aufgegeben. Fast 400 Jahre später wurde es von Oberst Clegg-Stewart der Benediktinergemeinschaft in Prinknash gestiftet; 1948 zogen Mönche wieder ein und die Gebäude wurden restauriert. 1974 wurde es zur Abtei erhoben. Zwischen 1964 und 1981 wurden in Miltonduff 2 Lomond-Brennblasen installiert, um Mosstowie Single Malt Whisky zu produzieren. Lomond-Brennblasen wurden 1955 von Alistair Cunningham, dem Chef-Chemieingenieur von Hiram Walker, erfunden. Sie haben einen sehr breiten, dicken Hals mit 3 Rektifizierplatten, ähnlich wie bei kontinuierlichen Brennblasen verwendet. Diese Platten können gedreht werden, um den Rückfluss zu ändern und verschiedene Whiskystile zu erzeugen. Im horizontalen Zustand wird der Rückfluss maximiert, im vertikalen minimiert. Sie können vollständig oder mit Wasserzugabe betrieben werden, letzteres erhöht ebenfalls den Rückfluss. Das Mosstowie-Destillat ist leichter als Miltonduff. Miltonduff beherbergte auch das Technische Zentrum für Malzdestillerien von Allied Distillers mit Labors, Ingenieurbüros und Lagerverwaltung. Die Nordgeschäftsstelle von Chivas Brothers befindet sich jetzt dort. Das Labor ist in das Technische Zentrum Glen Keith umgezogen. Das CO2-Extraktionsverfahren aus der Gärung wurde hier erfunden. In den 1960er Jahren pionierte Miltonduff eine neue Methode zum Erhitzen der ersten Wash-Brennblase. Die Wash läuft durch Wärmetauscher (unter Verwendung von heißem Wasser aus Kondensatoren) und wird vor Eintritt in die Brennblase auf 75-80°C erhitzt. Sobald die Brennblase voll ist, extrahiert ein anderer Wärmetauscher die Wash und erhitzt sie mit Dampf zum Kochen. Die kochende Wash kehrt dann über einen Expander als Dampf zurück, um die verbleibende Wash zu erhitzen. Dies setzt sich fort, bis die Destillation abgeschlossen ist.