Erstaunlicherweise besaß die Insel Jura, ein Ort fern der Steuereintreiber, bereits 1810 eine lizenzierte Destillerie – in Craighouse, was sowohl der heutige Standort der Destillerie als auch der ehemalige Ort der illegalen Small Isles Destillerie ist. Die Lizenz wurde vom Laird der Insel, Archibald Campbell, erteilt. Mehrere Pächter betrieben die Destillerie nacheinander, aber mit geringem Erfolg. Der erste war William Abercrombie (bis 1831), gefolgt von Archibald Fletcher (bis 1851). Als Fletcher den Pachtvertrag aufgab, befanden sich nur noch 5.450 Gallonen im Zollfreilager. Campbells Sohn wollte die Brennblasen (im Wert von 400 £) als Schrott verkaufen. Bald darauf kaufte Norman Buchanan aus Glasgow die Destillerie (er erwarb in der gleichen Zeit auch die Caol Ila Destillerie), wurde aber zehn Jahre später bankrott. Nach einigen Jahren unterzeichnete der örtliche Laird 1876 einen 34-jährigen Pachtvertrag für die Destillerie mit James Ferguson aus Glasgow. Dieser Laird gab die Destillerie jedoch 1901 auf (und nahm alle Geräte, die er gekauft hatte, mit). Um Steuern zu vermeiden, ließ der Laird das Dach der Destillerie abbrechen, und die ursprüngliche Destillerie verfiel zu einer Ruine. 1963 wurde die Destillerie von zwei einheimischen Grundbesitzern, Robin Fletcher und Tony Riley-Smith (letzterer war der Onkel des Gründers des Whisky Magazine), mit dem Ziel wiederaufgebaut, mehr Arbeitsplätze auf der Insel zu schaffen. Unterstützt von Mackinlay Macpherson & Company (das bald von Scottish & Newcastle Brewers übernommen wurde), engagierten sie William Delmé-Evans, der in den späten 1940er Jahren die Tullibardine Destillerie entworfen und gebaut hatte. Er schrieb: „Wir beabsichtigen, einen Highland-Malt zu produzieren, anders als dieses torfige Zeug – die letzte Produktion war 1900.“ Der erste Single Malt wurde 1974 veröffentlicht. Dr. Alan Rutherford (Produktionsdirektor von U.D. 1976-1978) erweiterte die Produktion von 2 auf 4 Brennblasen. Invergordon Distillers erwarb Mackinlay und die Destillerie 1985, und zehn Jahre später wurde sie von Whyte & Mackay gekauft.

Die von Delmé-Evans entworfenen Brennblasen sind ungewöhnlich hoch und ermöglichen die Produktion eines leichteren, delikateren Malzwhiskys. Die Wohnung des ehemaligen Managers im Haupthaus wurde 2006 renoviert und steht zur Vermietung zur Verfügung. Jura verwendet seit jeher eine unverwechselbare Glasflasche mit Taillenschnitt, die elegant und sogar leicht sinnlich wirkt. Diese Flaschenform wurde ursprünglich von MacKinlay & Birnie für ihren Glen-Mhor-Malzwhisky verwendet, und Jura setzt sie seit ihrer Gründung ein. In den letzten Jahren hat sich der Absatz von Jura Single Malt Whisky dramatisch gesteigert, von 350.000 Flaschen im Jahr 2010 auf 1,9 Millionen Flaschen im Jahr 2014, was ihn zum drittbestverkauften Malzwhisky im Vereinigten Königreich macht. Dieser Erfolg ist teilweise dem legendären Master Blender Richard Paterson von Whyte & Mackay zu verdanken, der für die Auswahl der Fässer und des Destillats verantwortlich ist.