La distillerie a été construite au début des années 1830 à côté d'un ancien moulin à vent (dont les vestiges existent encore aujourd'hui). Avant 1837, elle s'appelait Invernettie, et cette année-là, la distillerie fut transformée en brasserie. En 1875, la Scottish Highland Distillery Co. la retransforma en distillerie, mais l'entreprise fut liquidée cinq ans plus tard. La distillerie changea ensuite plusieurs fois de propriétaire et ferma à de nombreuses reprises, notamment entre 1925 et 1937. En 1937, elle fut acquise par Seager Evans, un distillateur de gin londonien. Cette entreprise avait fondé la distillerie de spiritueux de grain Strathclyde en 1927 et, en 1936, avait acquis la marque de whisky blend Long John. En 1956, Seager Evans fut vendue à Schenley Industries Inc. de New York, offrant un apport de capital meilleur et plus rapide à mesure que le Scotch blend se développait à l'échelle mondiale. La propriété de Glenugie fut transférée à Long John Distilleries Ltd, et la distillerie fut entièrement rénovée avec l'ajout de deux alambics et de condenseurs multitubulaires, ce qui a doublé sa capacité de production. L'entreprise a également créé la distillerie Tamdhu dans la région de Speyside et construit la distillerie Kinclaith à Strathclyde. En 1962, l'entreprise a acheté la distillerie Laphroaig et a été rebaptisée Long John International en 1970. En 1975, elle a été vendue à Whitbread & Company Ltd. En janvier 1990, les activités spiritueuses de l'entreprise ont été acquises par Allied Lyons pour 454 millions de livres. Cependant, Glenugie était déjà fermée depuis sept ans à cette époque. Peu après 1983, le site a été divisé et vendu à deux sociétés d'ingénierie pétrolière de la mer du Nord, et les bâtiments originaux ont été démolis.

Le bâtiment principal de la distillerie possède une structure de charpente en fonte inhabituelle. La distillerie n'a jamais eu qu'une seule paire d'alambics.