James Stewart, du village de Rothes, était un marchand de grains et également propriétaire d'un moulin. En 1868, il s'associa avec Robert Dick, William Grant (un agent de la Clydesdale Bank) et John Cruickshank (un avocat) pour reprendre la distillerie Macallan voisine. La distillerie fonctionna avec succès, et trois ans plus tard, ils décidèrent de construire une distillerie plus grande en amont de Rothes. Ce n'était cependant pas un bon moment pour construire une distillerie. À l'automne 1878, la Grande-Bretagne traversa "la crise économique la plus sévère depuis un siècle" : la City of Glasgow Bank fit faillite en octobre, et la Clydesdale Bank suivit en décembre. James Stewart et ses associés dissolurent leur partenariat ; Stewart conserva Macallan, tandis que les autres prirent en charge la distillerie Glenrothes-Glenlivet à moitié construite, continuant à l'exploiter sous le nom de William Grant & Company. La date d'ouverture de la distillerie fut le 28 décembre 1879 — la nuit de la catastrophe du pont du Tay (voir Balmenach) — avec Robertson & Baxter comme agents. Plus tard, en 1887, suivant les conseils de W.A. Robertson, Glenrothes fusionna avec Bunnahabhain pour former la Highland Distilleries Company. En 1896, la distillerie fut agrandie selon les plans de Charles Doig d'Elgin, ajoutant quatre alambics et un second four à malt. Mais avant la fin des travaux, un incendie majeur détruisit la majeure partie de la distillerie. Malgré l'installation de l'équipement breveté de Doig qui empêcha l'explosion du nouveau moulin, la distillerie ne put éviter un autre incendie six ans plus tard. Glenrothes s'agrandit à six alambics en 1963, passa à huit en 1980, et fut reconstruite et agrandie à dix alambics en 1989. En 1987, Highland Distilleries accorda la licence de la marque Glenrothes à Berry Brothers & Rudd, un négociant en vins basé à Londres qui possédait également 50 % de Cutty Sark (les autres 50 % étaient détenus par Robertson & Baxter). Cette même année, ils lancèrent le premier embouteillage officiel de la distillerie : Glenrothes 12 Year Old. En 2010, le groupe Edrington (propriétaire de Robertson & Baxter) acquit 100 % des parts de Cutty Sark, tandis que Berry Brothers & Rudd obtint 100 % de la propriété de Glenrothes. Cependant, en 2017, la situation s'inversa et la marque Glenrothes retourna au groupe Edrington, avec des plans pour augmenter l'influence de la marque sur les marchés internationaux. Jusqu'en 1994, le nom de la distillerie était Glen Rothes ; il fut changé en Glenrothes par la suite.

En raison du prestige immense de Glenlivet, 27 distilleries de Speyside ajoutaient « Glenlivet » en suffixe à leurs noms. En 1884, John Gordon Smith chercha à restreindre cette pratique. Avant qu'elle ne soit portée devant les tribunaux, les propriétaires de Glenlivet, Cragganmore, Mortlach, Glenfarclas, Linkwood, Glen Grant, Glenlossie et Benrinnes conclurent un accord : la distillerie de Smith serait nommée The Glenlivet, tandis qu'ils pourraient ajouter Glenlivet à leurs noms de distillerie et commercialiser leur malt assemblé comme vatted Glenlivet. D'autres suivirent leur exemple. Andrew Usher se vit accorder les droits exclusifs de continuer à vendre l'Old Vatted Glenlivet. La distillerie puise son eau de processus dans une source qui aurait été le lieu d'un meurtre au XIIIe siècle. Selon la légende, Mary Leslie, fille de Lord Ross, fut tuée par le tristement célèbre « Loup de Badenoch » (Alexander Stewart, comte de Buchan) alors qu'elle protégeait son amant. Outre une refonte de l'étiquette en 1994, Glenlivet introduisit une forme de bouteille distinctive surnommée affectueusement « La Bomba ». En 2005, ils lancèrent « La Bombette », une miniature de 10cl de la taille d'une grenade à main, disponible en deux variantes.