En 1786, la distillerie a été fondée par le respecté local George Taylor (producteur de lin, maître de poste et banquier) en partenariat avec le duc de Gordon, équipée d'un alambic de 40 gallons. La distillerie fut d'abord nommée Milltown, puis renommée Milton après 1825 (bien que sa production soit toujours appelée « Strathisla »). En 1830, la distillerie passa au banquier et négociant en céréales William Longmore, puis fut transférée à son gendre J. Geddes Brown, qui l'a incorporée en tant que William Longmore & Company Ltd, la plupart des actions étant détenues par des locaux. Il est à noter que le fabricant de gin londonien Sir Robert Burnett & Company of London a embouteillé d'énormes quantités de whisky single malt sous le nom de « Longmore's Strathisla » dans les années 1880 (rapporté dans le Moray and Nairn Express de 1885) : « Où que vous alliez, vous trouvez des connaisseurs qui parlent avec enthousiasme et louanges unanimes des produits de la distillerie Milton à Keith. » Longmore & Company a possédé Milton jusqu'en 1950, année où James Barclay a acheté la distillerie pour 71 000 livres et l'a immédiatement vendue à la Seagram Company. Par la suite, la distillerie a également été renommée « Strathisla » d'après le nom de sa production. Après l'éviction de Longmore & Company, Milton a été contrôlée par un financier londonien douteux nommé Jay Pomeroy, qui a extrait de grandes quantités de whisky vieilli et, selon un jugement de la cour, « les a disposés d'une manière qui n'attirait aucun impôt » — c'est-à-dire qu'il a vendu le stock sur le marché noir pour un profit énorme, laissant la distillerie chroniquement dépourvue de whisky vieilli pendant cette période. Seagram a immédiatement entrepris d'élargir la production, installant deux nouveaux alambics chauffés à la vapeur aux côtés de la paire originale chauffée au charbon en 1965, et construisant des entrepôts à grande échelle à proximité. Les intérêts de Seagram dans le whisky ont été acquis par Pernod Ricard en 2001, et Strathisla est désormais gérée par sa filiale Chivas Brothers.

Selon le Banffshire Journal, en janvier 1876, le Milton Distillery (aujourd'hui Strathisla) a subi un incendie dévastateur : 'L'étable contenait 66 bovins, dont 30 ont péri dans les flammes ; les pertes s'élevaient à 700 livres. De plus, 500 quarters d'orge, une batteuse et une machine à vapeur ont été détruites... dommages totaux estimés à 3 800 livres.' Trois ans plus tard, le moulin à malt a explosé lorsque 'une petite pierre a frotté contre le cylindre du moulin, créant des étincelles qui ont enflammé la poussière hautement explosive et pulvérulente.' Une particularité unique était la roue à eau installée en 1881 pour la production d'électricité, qui est restée en service jusqu'en 1965 pour entraîner l'agitateur dans l'alambic de chauffe. Milton/Strathisla possède le toit pagode le plus haut d'Écosse (bien qu'il semble modeste car la distillerie elle-même est petite), et de manière inhabituelle, il n'a pas été conçu par Charles Doig (l'inventeur célèbre et architecte de distilleries), mais par son collègue architecte John Alcock. James Barclay (1886-1963) était l'une des figures les plus colorées de l'industrie du whisky de l'après-guerre. Il a commencé sa carrière au Banff Distillery en 1902, a ensuite travaillé pour Peter Mackie de White Horse, et en 1919, il a acheté George Ballantine & Son avec un partenaire. En 1922, il a acquis J. & G. Stodart (assembleurs) et a immédiatement organisé la distribution aux États-Unis – malgré la Prohibition. Au Canada, il s'est lié d'amitié avec Harry Hatch de Hiram Walker, lui vendant Ballantine's en 1935. L'année suivante, représentant Hiram Walker, il a acheté les distilleries Miltonduff et Glenburgie, rejoignant le conseil d'administration de Hiram Walker [Scotland] Ltd. Mystérieusement, il a démissionné en 1937 pour rejoindre le rival Seagram's, leur ouvrant la voie dans le Scotch en facilitant leurs acquisitions de Chivas Brothers et de Strathisla Distillery (alors Milton).