Le whisky single malt Port Ellen jouit d'un statut vénéré parmi les collectionneurs de whisky qui apprécient les styles tourbés. Bien que la plupart des bâtiments de la distillerie subsistent, dont deux fours à pagode (un troisième a été démantelé en 2004 pour des raisons de sécurité), les collectionneurs pleurent toujours cette perte. L'entrepôt sur site est le plus ancien d'Écosse et est toujours utilisé pour la maturation du whisky Lagavulin vieilli longuement, tandis que d'autres bâtiments ont été convertis en petites unités commerciales. La distillerie a commencé comme maltsterie, créée avant 1824 par Alexander Kerr Mackay avec le soutien fort du Laird Walter Frederick Campbell d'Islay. En 1825, John Morrison commença à distiller du whisky comme sous-locataire, probablement en tant qu'agent pour son oncle Ebenezer Ramsay. Ramsay était un procureur fiscal du Clackmannanshire avec des liens étroits avec la dynastie de distillation Stein et des intérêts étendus dans la région d'Alloa. Leur entreprise s'avéra toutefois infructueuse et, en 1833, Ramsay envoya son fils et son neveu à Islay pour évaluer la situation. Son fils rapporta que la construction d'une distillerie y était irréalisable, mais son neveu John Ramsay rapporta le contraire. John Ramsay (1815-1892) n'avait que 18 ans. Après une formation comme distillateur à Alloa, il fut nommé directeur. En quelques années, il géra également les affaires du Laird d'Islay et devint son partenaire commercial dans plusieurs entreprises, dont le lancement du premier service de ferry quinzomadaire entre Islay et Glasgow. Ramsay devint le principal agronome de l'île, président de la Chambre de commerce de Glasgow et député libéral pour Stirling (1868) et Falkirk (1874-1886). À sa mort, il possédait toute la paroisse de Kildalton, ayant construit de nombreuses fermes, manoirs et cottages, et contribué significativement à l'amélioration de l'agriculture sur l'île. Port Ellen passa d'abord à sa veuve, puis à son fils, le capitaine Ian Ramsay of Kildalton. Après la Première Guerre mondiale (pendant laquelle il fut blessé), il fut difficile de maintenir l'entreprise et il dut vendre la distillerie à ses anciens agents, James Buchanan & Company, qui l'acquirent en partenariat avec John Dewar & Sons. Ces entreprises rejoignirent le D.C.L. en 1925, entraînant Port Ellen avec elles. À partir de 1930, Port Ellen fut géré par le S.M.D. et bientôt fermé (pendant 37 ans), bien que la maltsterie continuât à fonctionner. En 1967, il fut reconstruit sur le site de la distillerie originale avec quatre alambics chauffés mécaniquement (convertis au chauffage à vapeur en 1970) et des serpentins de refroidissement. Une maltsterie tambour fut construite à proximité en 1973, servant d'abord trois distilleries Islay du S.M.D., puis signant en 1987 un accord avec toutes les distilleries Islay et Jura pour satisfaire au moins une partie de leurs besoins en malt, maintenant la maltsterie à pleine capacité. La distillerie Port Ellen fut mise sous cocon en 1983 et fermée en 1987. Depuis 2001, Diageo publie chaque année de petites quantités de Port Ellen en tant que "Special Releases", tous des millésimes rares de 1978 ou 1979. Ces expressions rares sont très recherchées par les collectionneurs. Le 9 octobre 2017, une nouvelle surprenante a secoué le monde du whisky : Diageo a annoncé son intention de rouvrir la distillerie Port Ellen (ainsi que la distillerie Brora) avant 2020.

Toutes les distilleries d'Islay (à l'exception de la nouvelle distillerie Kilchoman) sont construites sur la côte pour faciliter le transport de l'orge et du charbon, ainsi que l'exportation du whisky. En 1826, un quai fut construit à Port Ellen, et le village s'est progressivement développé autour, nommé d'après Eleanor, épouse du Laird Frederick Campbell d'Islay. À partir de 1869, les ventes de la distillerie furent gérées par W.P. Lowrie de Glasgow, pionnier de l'utilisation de fûts de xérès pour la maturation et fournisseur original de James Buchanan. Le grand succès du whisky mélangé Black & White de Buchanan lui permit d'acquérir la société de Lowrie en 1906.