Le château de Dunyveg gardait autrefois l'entrée de la baie de Lagavulin, aujourd'hui il ne reste que des ruines écroulées. C'était la base de pouvoir des Seigneurs des Îles et l'endroit où ils amarraient leurs navires de guerre. Dès le début du 18ème siècle, des alambics illégaux existaient déjà dans ce "moulin creux" abrité. La première exploitation légale de whisky a été développée par John Johnston en 1816. Dans les années 1820, il a acheté la distillerie voisine d'Ardmore. En 1837, son fils a fusionné les deux distilleries en une seule. En 1852, John Crawford Graham a acquis la distillerie. Il était le frère du négociant en vin de Glasgow Alexander Graham et partenaire de James Logan Mackie. Un autre frère, Walter Graham, a loué la distillerie voisine de Laphroaig et a exploité les deux ensemble pendant quatre ans. James Logan Mackie a pris le contrôle de l'entreprise en 1860 et a envoyé son neveu Peter en apprentissage chez Lagavulin. Peter Mackie s'est impliqué dans l'entreprise et est devenu associé gérant en 1890. La même année, il a créé le whisky blendé White Horse. Ce blend a été si couronné de succès qu'en 1908, Mackie & Company était classée parmi les cinq plus grandes marques (aux côtés de Johnnie Walker, Dewar's, Buchanan's et Black & White). En 1924, l'année de la mort de Peter Mackie, l'entreprise est devenue White Horse Distillers. Elle a fusionné avec D.C.L. en 1927.

En 1886, lorsqu'Alfred Barnard a visité Lagavulin, il a qualifié le whisky de 8 ans d'"excellent en goût". Il a plus tard écrit : "Seules quelques distilleries écossaises peuvent produire du whisky utilisé comme whisky single malt, et Lagavulin peut être considéré comme l'un des meilleurs d'entre eux." En 2016, pour commémorer le deuxième centenaire de la distillerie, Diageo a lancé un whisky Lagavulin 8 ans single malt "limité à un an". Peter Mackie était une autorité en matière de tir et a également écrit *The Gamekeeper's Handbook*. Il a insisté pour que ses ouvriers de distillerie mangent avec modération (voir "Craigellachie"). Il était un porte-parole infatigable de l'industrie du whisky. Il a été anobli en 1920. En 1908, Mackie a construit une seconde distillerie au sein de Lagavulin et l'a nommée "Malt Mill". Avant 1907, il était l'agent de Laphroaig, mais il s'est querellé sans cesse avec les propriétaires, alors il a décidé de produire un whisky très similaire à Laphroaig pour détruire leur marché. Le plan a finalement échoué, mais Malt Mill a continué à fonctionner jusqu'en 1962. L'alcool distillé était utilisé pour l'assemblage. Un fût (fictif) de whisky Malt Mill était l'histoire centrale du film primé de Ken Loach *The Angels' Share*, vendu finalement pour plus d'un million de livres ! L'ancien bâtiment de la distillerie Malt Mill est aujourd'hui le centre des visiteurs de Lagavulin.