En 1825, James Gordon et un homme nommé Peter Weir ont fondé une distillerie sur le site de l'ancien domaine d'Aberlour House. Lorsque leur entreprise a fait faillite en 1833, la distillerie a été reprise par John et James Grant en partenariat avec les frères Walker. Lorsque le bail s'est terminé en 1840, la famille Grant a déménagé à Rothes et a construit la distillerie Glen Grant ; le fils de Peter Weir est devenu leur promoteur commercial, tandis que les frères Walker sont partis à la distillerie Linkwood. L'actuelle distillerie Aberlour a été construite entre 1879 et 1880 par James Fleming, un homme d'affaires local qui avait loué la distillerie Dailuaine jusqu'en 1879. La nouvelle distillerie était située à un mile de l'ancien site, utilisant des pierres de la carrière que Thomas Telford avait utilisée lors de la construction du pont de Craigellachie. La distillerie a été agrandie en 1892, et la propriété a été transférée à la maison de négoce R. Thorne & Sons de Greenock. En 1898, la distillerie a été détruite par un incendie et reconstruite. Les propriétaires suivants furent la société anglaise W.H. Holt & Sons, qui a acheté Aberlour en 1921 et l'a exploitée pendant 20 ans. En 1945, elle a été acquise par S. Campbell & Son, qui a modernisé l'équipement en 1973 en installant quatre alambics, et l'a vendue l'année suivante à la Société Pernod Ricard. Pernod Ricard a conservé Campbell Distillers comme sa division whisky jusqu'à l'acquisition de Seagram's en 2001, qui comprenait Chivas Brothers, ce dernier assumant le contrôle de toutes les distilleries. Depuis 2000, les ventes du whisky single malt Aberlour ont considérablement augmenté, en particulier en France. La marque est actuellement la sixième marque de whisky la plus vendue au monde. En août 2002, la distillerie a ouvert un nouveau centre d'accueil offrant une visite guidée de deux heures.

Jusque dans les années 1990, la distillerie était entièrement alimentée par l'eau. Sur le site de la distillerie se trouve un puits saint dédié à Saint Drostan, un disciple de Saint Columba qui visita le Speyside vers 660 après J.-C. Selon la légende, il utilisa l'eau de ce puits pour baptiser les habitants locaux. Plus tard, il fonda un monastère à Deer dans l'Aberdeenshire, où il écrivit le célèbre 'Book of Deer'. En 1931, la famille Ross a fait construire une petite chapelle spécialement dédiée à ce saint. Ian Mitchell, décédé en 1992, a travaillé à la distillerie pendant 48 ans, en tant que directeur de distillerie pendant les 27 dernières années. Son grand-père, son père et son frère y ont également travaillé. La série 'A'bunadh' d'Aberlour (gaélique pour 'origine') a été lancée en 2000. C'est un produit du Speyside à degré de fût (cask strength), non filtré à froid. Jusqu'en 2019, 64 lots ont été mis en marché. Aberlour House est aujourd'hui le siège de la célèbre marque de shortbread 'Walkers of Aberlour'.