Eden Mill a été construite sur le site de la distillerie Seggie, fondée par William Haig en 1810 et reprise plus tard par son frère John. John a acquis la distillerie Cameronbridge en 1824. Certains bâtiments d'origine subsistent encore aujourd'hui. Le whisky Seggie a été enregistré comme faisant partie du mélange Perth d'Arthur Bell en 1857. La distillerie a fonctionné au moins jusqu'en 1865 (lorsque John Haig a formé la Scotch Distillers Association, devenue plus tard D.C.L.) et a été convertie en une grande papeterie en 1872, exploitée jusqu'en 2008. Le site d'origine a été par la suite acheté par l'université de St. Andrews. Un consortium dirigé par Paul Miller, ancien directeur des ventes de Molson Coors et directeur marketing de la distillerie Glenmorangie, a loué une partie de l'ancien moulin, ouvert une distillerie artisanale en 2012 et augmenté la production de whisky et de gin en novembre 2014. En 2015, elle a produit 100 000 litres d'alcool de malt pur, et les propriétaires n'ont pas l'intention d'augmenter la capacité : 'Nous ne faisons pas de production de masse. Nous remplissons seulement une poignée de fûts de tête de porc chaque semaine que l'on peut compter sur une main. Moins c'est bien !' En plus du whisky, Eden Mill produit également divers gins artisanaux. Au début 2018, la distillerie a commencé à déménager, se déplaçant de 70 mètres au nord de son emplacement actuel dans le bâtiment de la distillerie d'origine.

Eden Mill emploie cinq maîtres distillateurs diplômés universitaires, chacun produisant l'équivalent d'un hogshead par semaine. Ils croient fermement que leur 'teneur en or' par litre d'alcool (mesurée par la qualité des distillateurs) dépasse celle de toutes les autres distilleries écossaises ! Eden Mill est également à la pointe du développement du whisky blend et du vieillissement en petits fûts, investissant un temps considérable dans cette quête. Ils ont lancé des whiskies blend mettant en évidence les différences de finition dans quatre types de fûts : fûts de xérès Oloroso originaux, fûts de chêne américain vierge, fûts de chêne européen et quarter casks. Fait remarquable, deux de leurs maîtres distillateurs sont également des tonneliers professionnellement formés.