La distillerie Scapa est construite sur le Lingro Burn, surplombant le vaste mouillage de la baie de Scapa. En 1919, la flotte allemande de haute mer s'y est sabordée, et en 1939, un sous-marin allemand audacieux a coulé le cuirassé HMS Royal Oak de la Royal Navy à cet endroit. Un ministre local a rapporté en 1701 que la paroisse organisait une compétition de boisson antique et grandiose, prétendument fondée par Saint Magnus au XIe siècle lorsqu'il est arrivé dans les îles Orcades et a offert au chef local 'une boisson forte'. 'Si le chef la boit d'un seul trait, il l'approuvera grandement, lui assurant que tout ira bien dans son domaine.' La distillerie Scapa a été fondée en 1885 par les marchands de Glasgow John Townsend et exploitée jusqu'en 1919, année où la distillerie a été presque détruite par un incendie. Heureusement, les marins de la Royal Navy stationnés dans la baie de Scapa ont formé une chaîne de seaux pour éteindre les flammes. La distillerie a changé de mains plusieurs fois jusqu'à son achat par Hiram Walker en 1954 ; ils ont reconstruit la distillerie cinq ans plus tard, installant un alambic Lomond (voir 'Inverleven' et 'Miltonduff'). En 1978, la distillerie a subi une autre modernisation lorsque les chicanes de l'alambic ont été retirées, résultant en un alambic traditionnel à col droit. En 1994, la distillerie a été fermée à nouveau, mais une production intermittente a commencé en 1997 par le personnel du Highland Park voisin. Entre 1986 et 1987, Allied Distillers a acheté Hiram Walker, acquérant la propriété de la distillerie. En 2004, ils ont investi 2,1 millions de livres dans une rénovation majeure, lançant le premier embouteillage propriétaire et créant un club de fans. La production a cessé à nouveau en 2005 en raison de plans de rénovation ; plus tard cette année-là, la propriété a été transférée à Chivas Brothers sous Pernod Ricard, qui a repris la production en octobre 2005 pour marquer le 120e anniversaire de la distillerie.

Lorsqu'Alfred Barnard visita Scapa en 1886, il la décrivit comme 'l'une des distilleries à petite échelle les plus complètes de Grande-Bretagne'. Une grande roue à eau propulsée par le Lingro Burn fournit de l'électricité à la distillerie. Depuis 1959, Scapa fait fonctionner un alambic Lomond. Cet alambic provenait de la distillerie Glenburgie, et bien que les plateaux réglables aient été retirés, il reste aujourd'hui l'un des seuls deux alambics de ce type en existence. En tant que distillerie insulaire, le choix de Scapa de produire un whisky non tourbé est inhabituel.