Pour sécuriser une source d'eau de qualité, la distillerie a été construite sur les terres de l'abbaye de Pluscarden, à six miles à l'ouest d'Elgin. Sans surprise, de nombreuses distilleries illégales à la fin du 18e siècle utilisaient des terres d'église—on en dénombrait environ 50—et la distillerie actuelle, construite en 1824, se trouve sur un site appelé Milton qui était autrefois le moulin de l'abbaye. Après que la famille Duff a acheté les terres, le nom a été changé en 'Milton of Duff' et une vieille roue à eau a été conservée. La distillerie a été acquise par William Stewart (co-propriétaire de la distillerie Highland Park) en 1866 ; Thomas Yorke le rejoignit en 1890, et la distillerie a été agrandie au milieu des années 1890, avec une capacité dépassant un million de litres d'alcool pur. En 1936, Yorke vendit la distillerie à Hiram Walker, qui avait acquis George Ballantine & Company l'année précédente. Entre 1974 et 1975, Miltonduff a été modernisée, avec une production annuelle atteignant 5,24 millions de litres d'alcool pur, devenant l'une des plus grandes distilleries d'Écosse. Un centre d'accueil a également été construit à peu près au même moment, mais fut bientôt fermé. En 1986, Allied Distillers a acquis 51 % de Hiram Walker, complétant l'acquisition totale l'année suivante. En 2005, la plupart des intérêts whisky d'Allied Distillers ont été acquis par Pernod Ricard, y compris Ballantine's et la distillerie Miltonduff. Miltonduff est désormais exploitée par Chivas Brothers, une filiale de Pernod Ricard.

Prinknash était à l'origine un monastère donné par Alexandre II en 1230. En 1454, il a absorbé l'ancien monastère bénédictin d'Ecton mais a été abandonné pendant la Réforme. Près de 400 ans plus tard, il a été donné par le colonel Clegg-Stewart à la communauté bénédictine de Prinknash ; en 1948, les moines y sont à nouveau entrés et les bâtiments ont été restaurés. En 1974, il a été élevé au statut d'abbaye. Entre 1964 et 1981, 2 alambics Lomond ont été installés à Miltonduff pour produire du whisky single malt Mosstowie. Les alambics Lomond ont été inventés en 1955 par Alistair Cunningham, ingénieur chimiste en chef de Hiram Walker. Ils ont un col très large et épais avec 3 plateaux de rectification, similaires à ceux utilisés dans les alambics continus. Ces plateaux peuvent être pivotés pour modifier le reflux et produire différents styles de whisky. À l'horizontale, le reflux est maximisé ; à la verticale, minimisé. Ils peuvent fonctionner à sec ou avec ajout d'eau, ce dernier augmentant également le reflux. L'esprit de Mosstowie est plus léger que celui de Miltonduff. Miltonduff abritait également le centre technique des distilleries de malt d'Allied Distillers avec des laboratoires, des services d'ingénierie et des bureaux de gestion des entrepôts. Le siège des opérations nord de Chivas Brothers s'y trouve désormais. Le laboratoire a déménagé au centre technique de Glen Keith. Le procédé d'extraction du CO2 de la fermentation a été inventé ici. Dans les années 1960, Miltonduff a ouvert la voie à une nouvelle méthode de chauffage du premier alambic de wash. La wash passe par des échangeurs de chaleur (utilisant de l'eau chaude des condenseurs) et est chauffée à 75-80°C avant d'entrer dans l'alambic. Une fois l'alambic plein, un autre échangeur de chaleur extrait la wash, la chauffe à l'ébullition avec de la vapeur. La wash bouillante retourne ensuite via un détendeur sous forme de vapeur pour chauffer la wash restante. Cela continue jusqu'à ce que la distillation soit terminée.