Étonnamment, en tant que lieu éloigné des collecteurs d'impôts, l'île de Jura possédait déjà une distillerie sous licence dès 1810 – à Craighouse, qui est à la fois l'emplacement actuel de la distillerie et l'ancien site de la distillerie illégale Small Isles. La licence fut accordée par le laird de l'île, Archibald Campbell. Plusieurs locataires exploitèrent la distillerie successivement, mais avec peu de succès. Le premier fut William Abercrombie (jusqu'en 1831), suivi d'Archibald Fletcher (jusqu'en 1851). Lorsque Fletcher abandonna le bail, seuls 5 450 gallons restaient en entrepôt de douane. Le fils de Campbell voulait vendre les alambics (valeur de 400 £) comme ferraille. Peu après, Norman Buchanan de Glasgow acheta la distillerie (il acquit également la distillerie Caol Ila durant la même période), mais fit faillite dix ans plus tard. Après quelques années, en 1876, le laird local signa un bail de 34 ans pour la distillerie avec James Ferguson de Glasgow. Cependant, ce laird abandonna la distillerie en 1901 (emportant tout l'équipement qu'il avait acheté). Pour éviter de payer des taxes, le laird fit démolir le toit de la distillerie, et la distillerie originale tomba en ruine. En 1963, la distillerie fut reconstruite par deux propriétaires terriens locaux, Robin Fletcher et Tony Riley-Smith (ce dernier étant l'oncle du fondateur de Whisky Magazine), dans le but de créer davantage d'emplois sur l'île. Avec le soutien de Mackinlay Macpherson & Company (qui fut rapidement repris par Scottish & Newcastle Brewers), ils embauchèrent William Delmé-Evans, qui avait conçu et construit la distillerie Tullibardine à la fin des années 1940. Il écrivit : « Nous avons l'intention de produire un malt de style Highland, différent de ce truc tourbeux – la dernière production remontait à 1900. » Le premier single malt fut lancé en 1974. Le Dr Alan Rutherford (directeur de production d'U.D. de 1976 à 1978) augmenta la production de 2 à 4 alambics. Invergordon Distillers acquit Mackinlay et sa distillerie en 1985, et dix ans plus tard, elle fut achetée par Whyte & Mackay.

Les alambics conçus par Delmé-Evans sont exceptionnellement hauts, permettant la production d'un whisky malt plus léger et délicat. L'appartement de l'ancien gérant dans le bâtiment principal a été rénové en 2006 et est disponible à la location. Jura utilise depuis toujours une bouteille en verre distinctive à taille marquée, qui est élégante et même légèrement sensuelle. Cette forme de bouteille a été initialement utilisée par MacKinlay & Birnie pour leur whisky malt Glen Mhor, et Jura l'a employée depuis ses débuts. Ces dernières années, les ventes du whisky malt single de Jura ont considérablement augmenté, passant de 350 000 bouteilles en 2010 à 1,9 million de bouteilles en 2014, faisant de lui le troisième whisky malt le plus vendu au Royaume-Uni. Ce succès est en partie attribué au légendaire maître assembleur Richard Paterson de Whyte & Mackay, qui est responsable de la sélection des fûts et du spiritueux.