Dalwhinnie est un « point de rencontre » où les routes des bouviers du nord et de l'ouest rejoignent celles de Strathspey avant de se diriger vers le sud ensemble. Dans les années 1830, ces routes furent remplacées par des routes militaires supervisées par le général Wade. Le général Wade y établit également un hameau dispersé. La distillerie s'appelait à l'origine « Strathspey » et fut fondée en 1897 par trois hommes du village voisin de Kingussie. Cependant, ils tombèrent rapidement en difficultés financières et la distillerie fut vendue. Les nouveaux propriétaires la rebaptisèrent « Dalwhinnie » et confièrent des travaux de rénovation à Charles Doig avant de la vendre en 1905 à Cook & Bernheimer, alors la plus grande entreprise de blending américaine. Ce fut la première fois que des capitaux étrangers acquéraient une distillerie écossaise, mais cela ne dura que 14 ans ; lorsque les États-Unis annoncèrent la Prohibition, Dalwhinnie dut être vendue à nouveau. Les nouveaux propriétaires furent la célèbre maison de blending Macdonald, Greenlees & Williams. Cette dernière rejoignit D.C.L. en 1926, et Dalwhinnie fut concédée sous licence à James Buchanan & Company. En 1934, la distillerie fut gravement endommagée par un incendie. Jusqu'à cette année, le village où se trouvait la distillerie n'avait toujours pas d'électricité et était éclairé au kérosène. Elle fut reconstruite et rouvrite en avril 1938 ; l'ancienne salle de distillation fut transformée en la salle de brassage actuelle. Elle fut à nouveau fermée temporairement pendant la Seconde Guerre mondiale. Une autre rénovation eut lieu dans les années 1960. En 1961, les alambics furent convertis en chauffage à la vapeur indirecte (initialement des chaudières à charbon, converties au pétrole en 1972). En 1968, le maltage local cessa. En 1979, British Railways ferma la voie privée située derrière la distillerie. Entre 1992 et 1995, la distillerie fut fermée pour d'importants travaux de réfection. Le Dalwhinnie Single Malt a été sélectionné par la série « Classic Malts » d'U.D. comme représentant du style des Highlands, le rendant célèbre du jour au lendemain.

Dalwhinnie était la distillerie la plus haute d'Écosse à 1 073 pieds jusqu'à la construction de Braes of Glenlivet (aujourd'hui Braeval) en 1973. Elle est isolée (bien que proche de la route principale A9 vers le nord) et est la distillerie la plus froide, avec une température moyenne de 6°C. Depuis 1973, Dalwhinnie fonctionne comme une « station météorologique ». Chaque jour — y compris Noël et le Nouvel An — des données sur la température, le vent, l'humidité, la visibilité, le gel et les heures d'ensoleillement sont enregistrées et envoyées à Édimbourg. C'était autrefois la responsabilité du directeur de la distillerie, mais est maintenant partagée entre le directeur et l'exploitant. L'employé de la distillerie Harry Christie se souvient avoir joué au football en 1963 sur un terrain recouvert de cinq pieds de neige, utilisant un poteau de signalisation routière de six pieds de haut comme poteau de but. Philip Morrice a écrit en 1987 : « Même en mai, visiter ce lieu battu par les vents, c'est comme se rendre dans un avant-poste oublié. » Le fait que Dalwhinnie soit ensevelie sous la neige pendant des semaines est courant, bien que cela puisse changer avec le réchauffement climatique. En 1986, les condenseurs à serpentin de la distillerie ont été remplacés par des condenseurs multitubulaires de la distillerie Banff, mais ce changement a considérablement modifié le caractère de l'eau-de-vie, si bien qu'ils sont revenus aux condenseurs à serpentin en 1995. Dans un endroit aussi isolé, il est courant que des membres d'une même famille travaillent à la distillerie de génération en génération. Maureen Stronach, guide touristique qui a travaillé 35 ans, a succédé à son père et à son grand-père (tous deux distillateurs) ainsi qu'à trois oncles. Son défunt mari était opérateur d'alambic ; aujourd'hui, son frère Hamish (21 ans à la distillerie) et son fils travaillent également à Dalwhinnie comme opérateurs d'alambic.