1863年にストラススペイ（Strathspey）鉄道が開通したことで、スペイサイドの奥地バリンダロッホ（Ballindalloch）に蒸留所を設立することが可能になりました。クラッガンモアの創業者ジョン・スミスは、マッカラン（Macallan）、グレンリベット（Glenlivet）、グレンファークラス（Glenfarclas）、ウィショウ（Wishaw）蒸留所を管理したことで、当時最も経験豊富な蒸留士の一人と認められていました。彼はまた、鉄道の熱心な愛好家であり、ストラススペイ線の推進者でもありました。彼が蒸留所の建設地として選んだ場所はバリンダロッホ領地内にあり、蒸留所はジョージ・マクファーソン・グラント卿の支援のもとに建設されました。マクファーソン・グラント卿の一族は15世紀以来バリンダロッホ城を所有してきました（「Ballindalloch」参照）。蒸留所は1869年に開業しました。ジョンは1886年に亡くなり、蒸留所はまず彼の兄弟に、そして1893年にはその兄弟の息子ゴードン・スミスが成人した際に彼に継承されました。ゴードンは1901年に著名な蒸留所建築家チャールズ・ドイグを招聘して蒸留所を改修しました。ゴードンが1912年に亡くなってから1923年に蒸留所が売却されるまで、クラッガンモアは彼の未亡人メアリー・ジェーンによって経営されました。マクファーソン・グラントとホワイトホース蒸留所（White Horse Distillers）が共同で蒸留所の所有権を取得しました。1927年、後者はその所有権の50％をD.C.L.に譲渡しました。1965年にS.M.D.が残りの株を購入しましたが、その前年に蒸留所の生産能力は2倍に拡張され、約4基の蒸留器を備えるようになっていました。

理由は不明だが、ジョン・スミスは蒸留器の天板を通常の白鳥首ではなく平らな形状に設計した。これは蒸気が平らな天板で凝縮し、滴り落ちて再蒸発することで還流を増加させる可能性がある。ワームチューブ凝縮器を使用することで、この方法によって生じる軽やかなボディを相殺し、複雑で中程度のボディを持つスペイサイドスタイルのウイスキーを生産することができる。 ジョン・スミスはがっしりした体格で、体重は308ポンド（140kg）であった。鉄道車両に入るには幅が広すぎたため、車掌車で移動しなければならなかった。 クレイゲラキーは非常に魅力溢れる蒸留所で、コンパクトで整然としている。中庭を中心に建てられており、中庭の片側には「クラブルーム」（ゲストの接待用）があり、エドワード朝様式で装飾されており、ジョン・スミスの机と椅子（特大サイズ）などの記念品が展示されている。