1825年、ジェームズ・ゴードンとピーター・ウィアーという男性が旧アバラーハウスの敷地に蒸溜所を設立しました。1833年に事業が失敗すると、蒸溜所はジョン・グラントとジェームズ・グラント兄弟がウォーカー兄弟と協力して引き継ぎました。1840年に賃貸借契約が終了すると、グラント一族はロセスに移り、グレングラント蒸溜所を建設しました。ピーター・ウィアーの息子は彼らのビジネスプロモーターとなり、ウォーカー兄弟はリンクウッド蒸溜所へ移りました。 現在のアバラー蒸溜所は、1879年から1880年にかけてジェームズ・フレミング（1879年までダイルウェイン蒸溜所を賃貸していた地元の実業家）によって建設されました。新しい蒸溜所は旧敷地から1マイル離れた場所にあり、トーマス・テルフォードがクレイゲラキーに橋を建設した際に使用した採石場の石を使用しました。蒸溜所は1892年に拡張され、所有権はグリノックの調合酒メーカーR.ソーン・アンド・サンズに移転しました。1898年、蒸溜所は火災で破壊され、再建されました。 次の所有者は、1921年にアバラーを買収し、20年間運営したイングランドの会社W.H.ホルト・アンド・サンズでした。1945年、S.キャンベル・アンド・サンが買収し、1973年に蒸溜器4基を設置するなど設備を更新しました。翌年、ソシエテ・ペルノ・リカールに売却しました。ペルノ・リカールは、2001年のシーグラムズ買収（シバスブラザーズを含む）までキャンベル蒸溜所を自社のウイスキー部門として保持し、その後シバスブラザーズがすべての蒸溜所を引き継ぎました。 2000年以降、アバラーのシングルモルトウイスキーの販売量は、特にフランスで大幅に増加しました。同ブランドは現在、世界で6番目に販売量の多いウイスキーブランドです。 2002年8月、蒸溜所は2時間の見学ツアーを提供する全く新しいビジターセンターを開設しました。

1990年代まで、蒸留所は完全に水力で動いていました。蒸留所内には、聖コロンバの弟子である聖ドロスタンを祀る聖井戸があります。彼は660年頃スペイサイドを訪れました。伝説によると、彼はこの井戸の水で地元の住民に洗礼を施したといいます。その後、彼はアバディーンシャー州ディアーに修道院を創設し、そこで有名な『ブック・オブ・ディアー(Book of Deer)』を執筆しました。1931年、ロス一族はこの聖人に捧げる小さな礼拝堂を特別に建設しました。1992年に他界したイアン・ミッチェルは48年間蒸留所で働き、最後の27年間は蒸留所長を務めました。彼の祖父、父、兄も蒸留所で働いていました。アバラーの『アブナダ(A'bunadh)』シリーズ（ゲール語で『起源』の意）は2000年に発売されました。これはカスクストレングス、非冷却濾過のスペイサイド製品です。2019年までに64バッチがリリースされています。アバラーハウスは現在、有名なショートブレッドブランド『ウォーカーズ・オブ・アバラー(Walkers of Aberlour)』の本社となっています。