スカパ蒸留所はリングロー・バーンに建ち、スカパ湾の広い停泊地を見下ろしています。1919年、ドイツ公海艦隊がそこで自沈し、1939年には大胆なドイツ潜水艦がこの地で英国海軍の戦艦HMSロイヤル・オークを撃沈しました。 1701年、地元の牧師が報告したところによると、教区で古代からの盛大な飲酒大会が開催されていたそうです。これは11世紀にオークニー諸島に到着した聖マグヌスが地元の族長に「強い酒」を贈ったことに由来するとされています。「もし族長がそれを一気に飲めば、大いに認め、自分の支配する日々が順調であることを保証するでしょう。」 スカパ蒸留所は1885年にグラスゴーの商人ジョン・タウンゼンドによって設立され、1919年まで運営されました。その年、蒸留所は火災でほぼ全焼する寸前でしたが、幸いにもスカパ湾に駐留していた英国海軍の水兵たちがバケツリレーで消火しました。蒸留所は1954年にハイラム・ウォーカーが買収するまで何度も所有者が変わりました。彼らは5年後に蒸留所を再建し、ロモンド式蒸留器を設置しました（「インバーリーベン」「ミルトンダフ」参照）。1978年、蒸留所は再び近代化され、蒸留器のバッフルが取り除かれた結果、上部が直筒型の伝統的な蒸留器となりました。1994年、蒸留所は再び閉鎖されましたが、1997年から近くのハイランド・パークの従業員による間欠的生産が始まりました。 1986年から1987年にかけて、アライド蒸留所（Allied Distillers）がハイラム・ウォーカーを買収し、蒸留所の所有権を取得しました。2004年、彼らは210万ポンドを投資して大規模な改装を行い、初の専有瓶詰め商品を発売し、ファンクラブを設立しました。2005年、改装計画のため生産は再び停止しました。その年の後半、所有権はペルノ・リカール傘下のキバス・ブラザーズに移転し、後者は2005年10月に蒸留所開業120周年を迎えて生産を再開しました。

1886年にアルフレッド・バナードがスカパを訪れた際、彼はそれを「英国で最も完璧な小規模蒸留所の一つ」と記述しました。リンゴロー・バーン(Lingro Burn)が駆動する大型水車が蒸留所に電力を供給しています。1959年以来、スカパはロモンド・スティル(Lomond still)を1台運転しています。この蒸留器はグレンバーギー(Glenburgie)蒸留所からのもので、調整可能なプレートは取り外されましたが、今日ではこのタイプの蒸留器は2台しか存在しないうちの1台です。島の蒸留所として、スカパが無泥炭ウイスキーを生産することは異例です。