良質な水源を確保するため、蒸留所はエルギンの西6マイルにあるプラスカーデン修道院の敷地内に建設されました。 18世紀後半、多くの違法蒸留所が教会の土地を使用していたことは驚くにはあたりません—50軒ほどあったと言われています—そして1824年に建設された現在の蒸留所は、かつて修道院の粉挽き場だったミルトンという場所に位置しています。ダフ家が土地を購入した後、「ダフのミルトン（Milton of Duff）」と名前が変更され、古い水車が保存されました。 蒸留所は1866年にウィリアム・スチュワート（ハイランドパーク蒸留所の共同所有者）に買収されました。1890年にトーマス・ヨークが加わり、1890年代半ばに蒸留所は拡張され、生産能力は100万リットルを超える純アルコールとなりました。 1936年、ヨークは前年にジョージ・バランタイン＆カンパニーを買収したハイラム・ウォーカーに蒸留所を売却しました。1974年から1975年にかけて、ミルトンダフは近代化され、年間生産量が524万リットルの純アルコールに達し、スコットランド最大の蒸留所の一つとなりました。ビジターセンターもほぼ同時期に建設されましたが、すぐに閉鎖されました。 1986年、アライド・ディスティラーズがハイラム・ウォーカーの51%の株式を取得し、翌年に完全買収を完了しました。2005年、アライド・ディスティラーズのウイスキー事業の大部分がペルノ・リカールに買収され、バランタインとミルトンダフ蒸留所が含まれました。ミルトンダフは現在、ペルノ・リカールの子会社であるシーバス・ブラザーズによって運営されています。

プリクナッシュは元々1230年にアレクサンダー2世によって寄進された修道院でした。1454年、それはエクトンの旧ベネディクト会修道院を吸収しましたが、宗教改革の際に廃止されました。約400年後、それはクレッグ＝スチュワート大佐によってプリクナッシュのベネディクト会共同体に寄進されました。1948年、修道僧が再び入居し、建物が修復されました。1974年、それは修道院の地位に昇格しました。 1964年から1981年の間、ミルトンダフにはモストウィー単一モルトウイスキーを生産するために2つのロモンド蒸留器が設置されました。ロモンド蒸留器は1955年にハイラム・ウォーカーの主任化学エンジニアであるアリステア・カニンガムによって発明されました。それらは連続蒸留器で使用されるものに似た3枚の整流板を備えた非常に広く太い首を持っています。これらの板は回転させることで還流を変化させ、異なるウイスキースタイルを生産することができます。水平位置では還流が最大化され、垂直位置では最小化されます。それらは完全に、または水を添加して運転することができ、後者は還流を増加させます。モストウィーの原酒はミルトンダフよりも軽やかです。 ミルトンダフはまた、実験室、エンジニアリング、倉庫管理事務所を備えたアライド・ディスティラーズのモルト蒸留所技術センターを収容していました。シーバス・ブラザーズの北部運営本部が現在そこに設置されています。実験室はグレン・キース技術センターに移転しました。発酵槽からの二酸化炭素抽出プロセスはここで発明されました。 1960年代、ミルトンダフは初回ウォッシュ蒸留器を加熱する新しい方法を開拓しました。ウォッシュは熱交換器（凝縮器からの温水を使用）を通過し、蒸留器に入る前に75〜80°Cに加熱されます。蒸留器が満杯になると、別の熱交換器がウォッシュを抽出し、蒸気で沸騰させます。沸騰したウォッシュは、その後エキスパンダーを介して蒸気として残りのウォッシュを加熱するために戻ります。これは蒸留が完了するまで続けられます。