1840年、インヴァネスの市長ジェームズ・サフランは、カレドニアン運河沿い、海路から南部市場へのアクセスが便利なミュアタウン（Muirtown）醸造所の廃墟に蒸留所を建設しました。しかし、開業から9年目に火災に遭い、甚大な損害を受けました。1855年、サフランの財産は没収されました。蒸留所とその建物は20年間空き地となり、その間は製粉所としてのみ使用されました。1884年以降、穀物商ウィリアム・グリゴルがこれを買収し、旧跡に更大規模の蒸留所を建設しました。マネージャーのジョン・バーニーは、チャールズ・マッキンレー・アンド・カンパニーと提携し、1892年に向かい側の土地を購入し、グレンモア蒸留所（Glen Mhor Distillery、別項参照）を建設しました。1920年、両社はグレン・アルビン（Glen Albyn）を買収しました。1972年、グレン・アルビンはD.C.L.に買収され、S.M.D.に移管されました。両蒸留所は1983年に閉鎖され、グレン・アルビンの跡地は現在スーパーマーケットとなっています。

第一次世界大戦中、グレンエルギンは機雷製造の海軍基地として英国海軍省に接収されたという説がありますが、防波堤建設の基地だったという情報もあります。1954年、サラダンボックスが蒸留所の伝統的なフロアモルティングを代替しました。ほんの数歩の距離にあるにもかかわらず、グレンエルギンのウイスキーはグレンモーレンジと全く異なり、より高い評価を得ています。