Até os anos 1870, a localização de Glenburgie era conhecida como Kilnflat, um lugar na paróquia de Avoch entre Elgin e Forres. Em 1829, William Paul, filho de um cirurgião distinto, construiu uma destilaria aqui, após ter estado envolvido com a destilaria vizinha Grange. Glenburgie foi estabelecida em 1810 (ano que a destilaria considera seu ano de fundação). Em 1871, Paul arrendou a destilaria a Charles Hill, que a renomeou "Glenburgie" e a vendeu em 1882 para Alexander Fraser & Company. O novo proprietário faliu em 1925. O administrador judicial foi uma figura notável chamada Donald Mustard, que assumiu a destilaria mas não retomou a produção. Dois anos depois, ele a vendeu para James & George Stodart Ltd, uma empresa de blending de Dundee e proprietária da marca Old Smuggler. O gigante canadense da destilação Hiram Walker comprou 60% da Stodart Ltd em 1930 — esta foi a primeira incursão da Walker no mercado de whisky escocês — e assumiu o controle total da destilaria em 1936, ao mesmo tempo em que adquiriu a destilaria Miltonduff. No ano anterior, haviam comprado a George Ballantine & Son Ltd de James Barclay (veja "Strathisla"), tornando Glenburgie e Miltonduff whiskies malt importantes para o blend Ballantine's, o que permanece até hoje. Em 1987, a Allied Lyons adquiriu a Ballantine's e suas destilarias associadas, e as transferiu em 2005 para o grupo Pernod Ricard e sua divisão operacional Chivas Brothers. A destilaria Glenburgie foi demolida em 2004 e reconstruída em um local próximo ao custo de £4,3 milhões. A destilaria reabriu em junho de 2005, e um par adicional de alambiques foi instalado no ano seguinte.

Notavelmente, o edifício original da destilaria construído em 1829 ainda se encontra num estacionamento hoje, mas foi elegantemente renovado como sala de provas. A sala é minúscula: uma casinha de pedra com duas janelas, aproximadamente 80 pés de comprimento e 30 pés de largura, com uma escada exterior que leva a uma sala separada e a uma adega de baixo teto. Entre 1958 e 1981, dois alambiques Lomond foram instalados na destilaria e colocados em operação, produzindo whisky single malt Glencraig, nomeado em homenagem a William Craig, o diretor de produção da Ballantine's na época (ver 'Inverleven' e 'Miltonduff'). Segundo seu filho — que ainda trabalha para a empresa — o nome foi escolhido para aplacar seu pai, que duvidava da eficácia dos alambiques Lomond. Na década de 1980, os alambiques Lomond foram substituídos por alambiques pot still convencionais através da troca dos heads. Na obra seminal 'Scotch Whisky' (1930) de Aeneas Macdonald, Glenburgie foi listado entre os 12 malt Highland favoritos do autor. Na década de 1940, o romancista Maurice Walsh serviu como oficial de receita na Glenburgie. Suas obras 'The Quiet Man' e 'Trouble in the Glen' foram adaptadas para filmes de Hollywood — o primeiro lançado em 1950 (com John Wayne e Maureen O'Hara), o segundo em 1954 (com Orson Welles e Margaret Lockwood). Seu neto é master blender na Jameson. Do corredor da sala de fermentação, as terras baixas de Moray estendem-se até o Moray Firth — uma visão espetacular.