A destilaria foi construída no início da década de 1830 ao lado de um moinho de vento antigo (cujos restos ainda existem hoje). Antes de 1837, chamava-se Invernettie, e nesse ano a destilaria foi convertida em cervejaria. Em 1875, a Scottish Highland Distillery Co. converteu-a novamente em destilaria, mas a empresa foi liquidada cinco anos depois. A destilaria mudou de mãos várias vezes e foi fechada em numerosas ocasiões, incluindo entre 1925 e 1937. Em 1937, foi adquirida pela Seager Evans, um destilador de gin de Londres. Esta empresa havia estabelecido a Destilaria de Grãos Strathclyde em 1927 e, em 1936, adquiriu a marca de whisky blended Long John. Em 1956, a Seager Evans foi vendida para a Schenley Industries Inc. de Nova York, proporcionando uma injeção de capital melhor e mais rápida à medida que o Scotch blended expandia globalmente. A propriedade de Glenugie foi transferida para a Long John Distilleries Ltd, e a destilaria foi completamente reformada, com a adição de dois alambiques novos e condensadores de tubos em cascata, o que dobrou sua capacidade de produção. A empresa também estabeleceu a destilaria Tamdhu em Speyside e construiu a destilaria Kinclaith em Strathclyde. Em 1962, a empresa comprou a destilaria Laphroaig e foi renomeada Long John International em 1970. Em 1975, foi vendida para a Whitbread & Company Ltd. Em janeiro de 1990, os interesses de bebidas espirituosas da empresa foram adquiridos pela Allied Lyons por £454 milhões. No entanto, Glenugie já estava fechada há sete anos naquela época. Pouco depois de 1983, o local foi dividido e vendido para duas empresas de engenharia de petróleo do Mar do Norte, e os edifícios originais foram demolidos.

O edifício principal da destilaria possui uma estrutura incomum de armação em ferro fundido. A destilaria teve apenas um par de alambiques.