Em 1786, a destilaria foi fundada pelo respeitado local George Taylor (produtor de linho, chefe de correios e banqueiro) em parceria com o Duque de Gordon, equipada com um alambique de 40 galões. A destilaria foi inicialmente nomeada Milltown, renomeada Milton após 1825 (embora sua produção ainda fosse chamada de "Strathisla"). Em 1830, a destilaria passou para o banqueiro e comerciante de cereais William Longmore, e devidamente foi transferida para seu genro J. Geddes Brown, que a incorporou como William Longmore & Company Ltd, com a maioria das ações detidas por moradores locais. Notavelmente, o fabricante de gin de Londres Sir Robert Burnett & Company of London engarrafou vastas quantidades de whisky single malt sob o nome de "Longmore's Strathisla" na década de 1880 (relatado no Moray and Nairn Express de 1885): "Onde quer que você vá, encontra conhecedores falando com entusiasmo e elogios unânimes sobre os produtos da destilaria Milton em Keith." A Longmore & Company possuiu Milton até 1950, quando James Barclay comprou a destilaria por £71.000 e imediatamente a vendeu para a Seagram Company. Posteriormente, a destilaria também foi renomeada "Strathisla" após o nome de sua produção. Após a exclusão da Longmore & Company, Milton foi controlada por um financista londrino duvidoso chamado Jay Pomeroy, que extraiu grandes quantidades de whisky amadurecido e, segundo uma sentença judicial, "dispôs deles de uma maneira que não atraiu qualquer tributo" — ou seja, ele vendeu o estoque no mercado negro para obter lucros enormes, deixando a destilaria cronicamente carente de whisky amadurecido durante esse período. A Seagram imediatamente expandiu a produção, instalando dois novos alambiques aquecidos a vapor ao lado do par original aquecido a carvão em 1965, e construindo armazéns de grande escala nas proximidades. Os interesses da Seagram no whisky foram adquiridos pela Pernod Ricard em 2001, e a Strathisla é agora gerenciada por sua subsidiária Chivas Brothers.

Segundo o Banffshire Journal, em janeiro de 1876, o Milton Distillery (hoje Strathisla) sofreu um incêndio devastador: 'O curral continha 66 cabeças de gado, das quais 30 pereceram nas chamas; as perdas ascenderam a 700 libras. Além disso, 500 quarters de cevada, uma debulhadora e uma máquina a vapor foram destruídas... prejuízos totais estimados em 3.800 libras.' Três anos depois, o moinho de malte explodiu quando 'uma pedra pequena friccionou contra o cilindro do moinho, criando faíscas que incendiaram a poeira altamente explosiva e pulverulenta.' Uma característica única era a roda de água instalada em 1881 para geração de eletricidade, que permaneceu em serviço até 1965 para acionar o agitador no alambique de lavagem. Milton/Strathisla tem o telhado pagode mais alto da Escócia (embora pareça modesto, pois a destilaria em si é pequena), e de forma incomum, não foi projetado por Charles Doig (o famoso inventor e arquiteto de destilarias), mas pelo colega arquiteto John Alcock. James Barclay (1886-1963) foi uma das figuras mais carismáticas da indústria do whisky no pós-guerra. Começou sua carreira no Banff Distillery em 1902, depois trabalhou para Peter Mackie da White Horse, e em 1919 comprou a George Ballantine & Son com um sócio. Em 1922, adquiriu a J. & G. Stodart (blenders) e imediatamente organizou a distribuição nos EUA – apesar da Lei Seca. No Canadá, fez amizade com Harry Hatch da Hiram Walker, vendendo-lhe a Ballantine's em 1935. No ano seguinte, representando a Hiram Walker, comprou as destilarias Miltonduff e Glenburgie, juntando-se ao conselho da Hiram Walker [Scotland] Ltd. Misteriosamente, renunciou em 1937 para juntar-se à rival Seagram's, abrindo-lhes caminho no whisky escocês ao facilitar suas aquisições da Chivas Brothers e da Strathisla Distillery (então Milton).