Em 1825, James Gordon e um homem chamado Peter Weir estabeleceram uma destilaria no local da antiga propriedade de Aberlour House. Quando o negócio falhou em 1833, a destilaria foi assumida por John e James Grant em parceria com os irmãos Walker. Quando o contrato de arrendamento terminou em 1840, a família Grant mudou-se para Rothes e construiu a Destilaria Glen Grant; o filho de Peter Weir tornou-se seu promotor comercial, enquanto os irmãos Walker foram para a Destilaria Linkwood. A atual Destilaria Aberlour foi construída entre 1879 e 1880 por James Fleming, um homem de negócios local que tinha arrendado a Destilaria Dailuaine até 1879. A nova destilaria ficava a uma milha do local antigo, usando pedras da pedreira que Thomas Telford usou na construção da ponte em Craigellachie. A destilaria foi expandida em 1892, e a propriedade foi transferida para a empresa de blends R. Thorne & Sons de Greenock. Em 1898, a destilaria foi destruída por fogo e reconstruída. Os próximos proprietários foram a empresa inglesa W.H. Holt & Sons, que comprou Aberlour em 1921 e a operou durante 20 anos. Em 1945, foi adquirida por S. Campbell & Son, que modernizou o equipamento em 1973 instalando quatro alambiques, e a vendeu no ano seguinte à Société Pernod Ricard. A Pernod Ricard manteve a Campbell Distillers como sua divisão de whisky até a aquisição da Seagram's em 2001, que incluía a Chivas Brothers, sendo que esta última assumiu todas as destilarias. Desde 2000, as vendas do whisky single malt Aberlour aumentaram drasticamente, particularmente na França. A marca é atualmente a sexta marca de whisky mais vendida no mundo. Em agosto de 2002, a destilaria abriu um novo centro de visitantes oferecendo um tour guiado de duas horas.

Até aos anos 90, a destilaria era totalmente movida à água. Nos terrenos da destilaria encontra-se um poço sagrado dedicado a São Drostan, um seguidor de São Columba que visitou Speyside por volta de 660 d.C. Diz a lenda que ele usou a água deste poço para batizar os habitantes locais. Mais tarde, fundou um mosteiro em Deer, Aberdeenshire, onde escreveu o famoso 'Book of Deer'. Em 1931, a família Ross construiu especialmente uma pequena capela dedicada a este santo. Ian Mitchell, que faleceu em 1992, trabalhou na destilaria durante 48 anos, servindo como gerente da destilaria nos últimos 27 anos. Seu avô, pai e irmão também trabalharam na destilaria. A série 'A'bunadh' de Aberlour (gaélico para 'origem') foi lançada em 2000. Este é um produto Speyside a grau de barril (cask strength), não filtrado a frio. Até 2019, foram lançados 64 lotes. Aberlour House é agora a sede da famosa marca de shortbread 'Walkers of Aberlour'.