A destilaria Scapa é construída no Lingro Burn, com vista para a vasta enseada de ancoragem da baía de Scapa. Em 1919, a Frota de Alta Mar Alemã se afundou ali, e em 1939, um submarino alemão ousado afundou o couraçado HMS Royal Oak da Marinha Real neste local. Um ministro local relatou em 1701 que a paróquia realizava uma competição de bebida antiga e grandiosa, alegadamente fundada por São Magnus no século XI, quando chegou às ilhas Órcades e presenteou o chefe local com 'uma bebida forte'. 'Se o chefe bebê-la de uma só vez, aprovará grandemente dele, assegurando-lhe que tudo correrá bem em seu domínio.' A destilaria Scapa foi fundada em 1885 pelos comerciantes de Glasgow John Townsend e operou até 1919, quando a destilaria foi quase destruída por um incêndio. Felizmente, marinheiros da Marinha Real estacionados na baía de Scapa formaram uma cadeia de baldes para extinguir as chamas. A destilaria mudou de mãos várias vezes até ser comprada por Hiram Walker em 1954; eles reconstruíram a destilaria cinco anos depois, instalando um alambique Lomond (veja 'Inverleven' e 'Miltonduff'). Em 1978, a destilaria passou por outra modernização quando as chicanes do alambique foram removidas, resultando em um alambique tradicional de pescoço reto. Em 1994, a destilaria foi fechada novamente, mas a produção intermitente começou em 1997 pela equipe do Highland Park próximo. Entre 1986 e 1987, a Allied Distillers comprou a Hiram Walker, adquirindo a propriedade da destilaria. Em 2004, eles investiram £2,1 milhões em uma grande renovação, lançando o primeiro engarrafamento proprietário e estabelecendo um clube de fãs. A produção cessou novamente em 2005 devido a planos de renovação; mais tarde naquele ano, a propriedade foi transferida para a Chivas Brothers sob a Pernod Ricard, que retomou a produção em outubro de 2005 para marcar o 120º aniversário da destilaria.

Quando Alfred Barnard visitou Scapa em 1886, descreveu-a como 'uma das destilarias em pequena escala mais completas da Grã-Bretanha'. Uma grande roda d'água movida pelo Lingro Burn fornece eletricidade à destilaria. Desde 1959, Scapa opera um alambique Lomond. Este alambique veio da destilaria Glenburgie, e embora as placas ajustáveis tenham sido removidas, permanece sendo um dos apenas dois alambiques deste tipo em existência hoje. Como destilaria insular, a escolha de Scapa de produzir whisky sem turfa é incomum.