Para garantir uma fonte de água de qualidade, a destilaria foi construída nos terrenos da Abadia de Pluscarden, a seis milhas a oeste de Elgin. Não surpreendentemente, muitas destilarias ilegais no final do século XVIII usavam terras da igreja—dizem que cerca de 50—e a destilaria atual, construída em 1824, está localizada em um lugar chamado Milton que era o moinho da abadia. Depois que a família Duff comprou a terra, o nome foi mudado para 'Milton of Duff' e uma antiga roda d'água foi mantida. A destilaria foi adquirida por William Stewart (co-proprietário da destilaria Highland Park) em 1866; Thomas Yorke juntou-se a ele em 1890, e a destilaria foi expandida em meados da década de 1890, com capacidade superior a um milhão de litros de álcool puro. Em 1936, Yorke vendeu a destilaria para Hiram Walker, que havia adquirido George Ballantine & Company no ano anterior. Entre 1974 e 1975, Miltonduff foi modernizada, com produção anual atingindo 5,24 milhões de litros de álcool puro, tornando-se uma das maiores destilarias da Escócia. Um centro de visitantes também foi construído quase ao mesmo tempo, mas foi logo fechado. Em 1986, a Allied Distillers adquiriu 51% da Hiram Walker, completando a aquisição total no ano seguinte. Em 2005, a maioria dos interesses em whisky da Allied Distillers foi adquirida pela Pernod Ricard, incluindo Ballantine's e a destilaria Miltonduff. Miltonduff é agora operada pela Chivas Brothers, uma subsidiária da Pernod Ricard.

Prinknash foi originalmente um mosteiro doado por Alexandre II em 1230. Em 1454, absorveu o antigo mosteiro beneditino de Ecton, mas foi abandonado durante a Reforma. Quase 400 anos depois, foi doado pelo Coronel Clegg-Stewart à comunidade beneditina de Prinknash; em 1948, os monges voltaram a mudar-se e os edifícios foram restaurados. Em 1974, foi elevado à categoria de abadia. Entre 1964 e 1981, 2 alambiques Lomond foram instalados em Miltonduff para produzir whisky single malt Mosstowie. Os alambiques Lomond foram inventados em 1955 por Alistair Cunningham, engenheiro químico chefe da Hiram Walker. Têm um pescoço muito largo e gordo com 3 pratos de retificação, semelhantes aos usados em alambiques contínuos. Estes pratos podem ser girados para alterar o refluxo e produzir diferentes estilos de whisky. Na posição horizontal, o refluxo é maximizado; na vertical, minimizado. Podem funcionar a seco ou com adição de água, sendo que este último também aumenta o refluxo. O espírito de Mosstowie é mais leve que o de Miltonduff. Miltonduff também albergou o centro técnico de destilerias de malte da Allied Distillers com laboratórios, engenharia e escritórios de gestão de armazéns. A sede das operações do norte da Chivas Brothers está agora localizada lá. O laboratório mudou-se para o centro técnico de Glen Keith. O processo de extração de CO2 da fermentação foi inventado aqui. Na década de 1960, Miltonduff pioneirou um novo método de aquecimento do primeiro alambique de wash. A wash passa por trocadores de calor (usando água quente dos condensadores) e é aquecida a 75-80°C antes de entrar no alambique. Quando o alambique está cheio, outro trocador de calor extrai a wash, aquecendo-a a ferver com vapor. A wash fervente retorna então via expansor como vapor para aquecer a wash restante. Isso continua até a destilação estar completa.