Sorpreendentemente, como um lugar distante dos cobradores de impostos, a ilha de Jura já possuía uma destilaria licenciada em 1810 – em Craighouse, que é tanto a localização atual da destilaria quanto o antigo site da destilaria ilegal Small Isles. A licença foi concedida pelo líder da ilha, Archibald Campbell. Vários inquilinos operaram a destilaria sucessivamente, mas com pouco sucesso. O primeiro foi William Abercrombie (até 1831), seguido por Archibald Fletcher (até 1851). Quando Fletcher abandonou o arrendamento, apenas 5.450 galões restavam em armazém de alfândega. O filho de Campbell queria vender os alambiques (valor de £400) como sucata. Logo em seguida, Norman Buchanan de Glasgow comprou a destilaria (também adquiriu a destilaria Caol Ila no mesmo período), mas faliu dez anos depois. Após alguns anos, em 1876, o líder local assinou um contrato de arrendamento de 34 anos para a destilaria com James Ferguson de Glasgow. No entanto, este líder abandonou a destilaria em 1901 (levando consigo todo o equipamento que havia comprado). Para evitar pagar impostos, o líder removeu o telhado da destilaria, e a destilaria original caiu em ruínas. Em 1963, a destilaria foi reconstruída por dois proprietários locais de terras, Robin Fletcher e Tony Riley-Smith (este último sendo o tio do fundador da Whisky Magazine), com o objetivo de criar mais oportunidades de emprego na ilha. Com o apoio da Mackinlay Macpherson & Company (que logo foi assumida pela Scottish & Newcastle Brewers), eles contrataram William Delmé-Evans, que havia projetado e construído a destilaria Tullibardine no final dos anos 1940. Ele escreveu: "Pretendemos produzir um whisky de malte de estilo Highland, diferente daquela coisa turfa – a última produção foi em 1900." O primeiro single malt foi lançado em 1974. Dr. Alan Rutherford (Diretor de Produção da U.D. de 1976-1978) expandiu a produção de 2 para 4 alambiques. A Invergordon Distillers adquiriu a Mackinlay e sua destilaria em 1985, e dez anos depois foi comprada pela Whyte & Mackay.

Os alambiques projetados por Delmé-Evans são excepcionalmente altos, permitindo a produção de um whisky de malte mais leve e delicado. O apartamento do antigo gerente no prédio principal foi renovado em 2006 e está disponível para aluguel. A Jura usa desde o início uma garrafa de vidro distintiva com cintura marcada, que é elegante e até ligeiramente sensual. Esta forma de garrafa foi inicialmente utilizada pela MacKinlay & Birnie para o seu whisky de malte Glen Mhor. Nos últimos anos, as vendas do whisky de malte single da Jura aumentaram dramaticamente, passando de 350 mil garrafas em 2010 para 1,9 milhões de garrafas em 2014, tornando-se o terceiro whisky de malte mais vendido no Reino Unido. Este sucesso é em parte atribuído ao lendário master blender Richard Paterson da Whyte & Mackay, que é responsável pela seleção dos barris e do destilado.