Dalwhinnie é um "ponto de encontro" onde as rotas dos vaqueiros do norte e oeste se encontram com as rotas de Strathspey antes de seguirem juntas para o sul. Na década de 1830, essas estradas foram substituídas por estradas militares supervisionadas pelo General Wade. O General Wade também estabeleceu aqui um assentamento disperso. A destilaria foi originalmente chamada de "Strathspey" e foi fundada em 1897 por três homens da cidade vizinha de Kingussie. No entanto, eles rapidamente enfrentaram dificuldades financeiras e a destilaria foi vendida. Os novos proprietários a renomearam "Dalwhinnie" e comissionaram Charles Doig para realizar reformas, antes de vendê-la em 1905 para a Cook & Bernheimer, então a maior empresa de blending dos EUA. Esta foi a primeira vez que capital estrangeiro adquiriu propriedade de uma destilaria escocesa, mas durou apenas 14 anos; quando os Estados Unidos anunciaram a Lei Seca, Dalwhinnie teve que ser vendida novamente. Os novos proprietários foram a renomada empresa de blending Macdonald, Greenlees & Williams. Esta última juntou-se à D.C.L. em 1926, e Dalwhinnie foi licenciada para James Buchanan & Company. Em 1934, a destilaria foi severamente danificada por um incêndio. Até aquele ano, a aldeia onde a destilaria estava localizada ainda não tinha eletricidade e era iluminada por lâmpadas a querosene. Foi reconstruída e reaberta em abril de 1938; a antiga sala de destilação foi convertida na atual casa de brassagem. Foi fechada temporariamente novamente durante a Segunda Guerra Mundial. Houve outra reforma na década de 1960. Em 1961, os alambiques foram convertidos para aquecimento a vapor indireto (inicialmente caldeiras a carvão, convertidas a óleo em 1972). Em 1968, a malteação local cessou. Em 1979, a British Railways fechou o desvio privado atrás da destilaria. Entre 1992 e 1995, a destilaria foi fechada para uma reforma em grande escala. O Dalwhinnie Single Malt foi selecionado pela série "Classic Malts" da U.D. como representante do estilo Highland, tornando-o famoso da noite para o dia.

Dalwhinnie foi a destilaria mais alta da Escócia a 1.073 pés até a construção de Braes of Glenlivet (hoje Braeval) em 1973. É remota (embora perto da rodovia principal A9 para o norte) e é a destilaria mais fria, com temperatura média de 6°C. Desde 1973, Dalwhinnie opera como uma "estação meteorológica". Diariamente — incluindo Natal e Ano Novo — dados de temperatura, vento, umidade, visibilidade, geada e horas de sol são registrados e enviados para Edimburgo. Era responsabilidade do gerente da destilaria, mas agora é compartilhada entre gerente e operador. O funcionário da destilaria Harry Christie lembrou-se de jogar futebol em 1963 em um campo coberto de cinco pés de neve, usando um poste de sinalização rodoviária de seis pés de altura como trave. Philip Morrice escreveu em 1987: "Mesmo em maio, visitar este lugar assolado pelo vento é como ir a um posto avançado esquecido." Dalwhinnie ficar coberta de neve por semanas é comum, embora isso possa mudar com o aquecimento global. Em 1986, os condensadores de banho de serpentina da destilaria foram substituídos por condensadores de tubos em cascata da destilaria Banff, mas essa mudança alterou significativamente o caráter do espírito, então eles voltaram aos condensadores de banho de serpentina em 1995. Em um lugar tão remoto, é comum que membros da família trabalhem na mesma destilaria por gerações. Maureen Stronach, guia turística que trabalhou por 35 anos, sucedeu seu pai e avô (ambos destiladores) e três tios. Seu falecido marido era operador de alambique; agora seu irmão Hamish (21 anos na destilaria) e seu filho também trabalham na Dalwhinnie como operadores de alambique.